如何使用 Ruby 将多个 CSV 文件合并为一个大的 CSV 文件？

Question

我一直在使用 SmarterCSV 将床格式文件转换为 csv 文件并更改列名称。

现在我收集了几个 CSV 文件，并想将它们组合成一个大的 CSV 文件。

在test3.csv，有三列，chromosome，start_site和end_site将要使用，其他三列，binding_site_pattern，score和strand将被删除。

通过向 test3.csv 文件中添加三个新列，列中的数据全部相同transcription_factor：Cmyc，cell_type列中：PWM，project_name列中：JASPAR。

有没有人对此有任何想法？

测试1.csv

transcription_factor,cell_type,chromosome,start_site,end_site,project_name
Cmyc,GM12878,11,809296,809827,ENCODE  
Cmyc,GM12878,11,6704236,6704683,ENCODE  

测试2.csv

transcription_factor,cell_type,chromosome,start_site,end_site,project_name  
Cmyc,H1ESC,19,9710417,9710587,ENCODE  
Cmyc,H1ESC,11,541754,542137,ENCODE  

测试3.csv

chromosome,start_site,end_site,binding_site_pattern,score,strand  
chr1,21942,21953,AAGCACGTGGT,1752,+    
chr1,21943,21954,AACCACGTGCT,1335,-  

期望的组合结果：

transcription_factor,cell_type,chromosome,start_site,end_site,project_name
Cmyc,GM12878,11,809296,809827,ENCODE  
Cmyc,GM12878,11,6704236,6704683,ENCODE  
Cmyc,H1ESC,19,9710417,9710587,ENCODE    
Cmyc,H1ESC,11,541754,542137,ENCODE   
Cmyc,PWM,1,21942,21953,JASPAR  
Cmyc,PWM,1,21943,21954,JASPAR

Answer 1

hs = %w{ transcription_factor cell_type chromosome start_site end_site project_name }

CSV.open('result.csv','w') do |csv|
  csv << hs
  CSV.foreach('test1.csv', headers: true) {|row| csv << row.values_at(*hs) }
  CSV.foreach('test2.csv', headers: true) {|row| csv << row.values_at(*hs) }
  CSV.foreach('test3.csv', headers: true) do |row|
    csv << ['Cmyc', 'PWM', row['chromosome'].match(/\d+/).to_s] + row.values_at('start_site', 'end_site') + ['JASPAR']
  end
end