MICE中纵向数据的多重插补和对象类型mids的统计分析

Question

我在使用小鼠对缺失值进行插补后对纵向数据进行统计分析时遇到问题。在宽数据格式中对缺失进行插补后，我将提取的数据转换为长格式。由于纵向数据参与者有重复的行（3 个时间点），这会在将长格式数据集转换为类型 mids 对象时出现问题。有谁知道如何在插补后创建一个 mids 对象或其他合适的东西？之后我想使用 lmer,lme 来合并固定效果。我尝试了很多不同的东西，但仍然无法弄清楚。

提前致谢并查看以下代码：

# minimal reproducible example

## Make up some data
set.seed(2)

# ID Variable, Group, 3 Timepoints outcome measure (X1-X3)
Data <- data.frame(
    ID = sort(sample(1:100)),
    GROUP = sample(c(0, 1), 100, replace = TRUE),
    matrix(sample(c(1:5,NA), 300, replace=T), ncol=3)
)

# install.packages("mice")
library(mice)

# Impute the data in wide format
m.out <- mice(Data, maxit = 5, m = 2, seed = 9, pred=quickpred(Data, mincor = 0.0, exclude = c("ID","GROUP"))) # ignore group here for easiness

# mids object?
is.mids(m.out) # TRUE

# Extract imputed data
imp_data <- complete(m.out, action = "long", include = TRUE)[, -2]

# Converting data into long format
# install.packages("reshape")
library(reshape)
imp_long <- melt(imp_data, id=c(".imp","ID","GROUP"))
# sort data
imp_long <- imp_long[order(imp_long$.imp, imp_long$ID, imp_long$GROUP),]
row.names(imp_long)<-NULL

# save as.mids
as.mids(imp_long,.imp=1, .id=2) # doesnt work
as.mids(imp_long) # doesnt work

最好的事物，

朱利安

Answer 1

我希望我能用这个小例子来回答你的问题。我真的不明白为什么mids需要转换回班级。通常，当我使用时，mice我会将估算数据转换为完整数据集的列表，然后使用apply.

library(mice)
library(reshape)
library(lme4)

Data <- data.frame(
    ID = sort(sample(1:100)),
    GROUP = sample(c(0, 1), 100, replace = TRUE),
    matrix(sample(c(1:5,NA), 300, replace=T), ncol=3)
)

# impute
m.out <- mice(Data, pred=quickpred(Data, mincor=0, exclude=c("ID","GROUP")))

# complete
imp.data <- as.list(1:5)
for(i in 1:5){
  imp.data[[i]] <- complete(m.out, action=i)
}

# reshape
imp.data <- lapply(imp.data, melt, id=c("ID","GROUP"))

# analyse
imp.fit <- lapply(imp.data, FUN=function(x){
  lmer(value ~ as.numeric(variable)+(1|ID), data=x) 
})
imp.res <- sapply(imp.fit, fixef)

但请记住，当您对不同级别上变化的变量关系感兴趣时，单级别插补并不是一个好主意。对于这些任务，您应该使用维持两级变化的过程，而不是像mice此配置中那样抑制它。

有一些解决方法mice，但例如 Mplus 和panR 中的包是专门为两级 MI 设计的。