Python使用置换数作为输入的Permutation Test的实现

Question

R众所周知的排列测试库,即perm.我感兴趣的例子是这样的:

 x <- c(12.6, 11.4, 13.2, 11.2, 9.4, 12.0)
 y <- c(16.4, 14.1, 13.4, 15.4, 14.0, 11.3)
 permTS(x,y, alternative="two.sided", method="exact.mc", control=permControl(nmc=30000))$p.value

哪个打印结果与p值:0.01999933.请注意,函数permTS允许我们输入排列数= 30000.在Python中是否存在类似的实现？

我正在看Python perm_stat,但它不是我正在寻找的,似乎是错误的.

Answer 1

这是使用monte-carlo方法进行置换测试的可能方法:

def exact_mc_perm_test(xs, ys, nmc):
    n, k = len(xs), 0
    diff = np.abs(np.mean(xs) - np.mean(ys))
    zs = np.concatenate([xs, ys])
    for j in range(nmc):
        np.random.shuffle(zs)
        k += diff < np.abs(np.mean(zs[:n]) - np.mean(zs[n:]))
    return k / nmc

请注意,鉴于算法的蒙特卡罗性质,您在每次运行时都不会得到完全相同的数字:

>>> xs = np.array([12.6, 11.4, 13.2, 11.2, 9.4, 12.0])
>>> ys = np.array([16.4, 14.1, 13.4, 15.4, 14.0, 11.3])
>>> exact_mc_perm_test(xs, ys, 30000)
0.019466666666666667