Rmarkdown：不同的输出文件夹，共享库

Question

我有一个.R文件，其中我为列表中的每个唯一值渲染了许多不同的.Rmd文件。像这样：

for (uddannelse in unique(c("Monkey","Horse"))) {
  rmarkdown::render("file1.Rmd", output_dir=file.path(getwd(), uddannelse) ,output_file=paste("file1", uddannelse,".html", sep="_"), encoding="UTF-8")
  rmarkdown::render("file2.Rmd", output_dir=file.path(getwd(), uddannelse), output_file=paste("file2", uddannelse,".html", sep="_"), encoding="UTF-8")
}

从render参数可以明显看出，对于上面列表中的每个值，html-output应该进入一个单独的文件夹，在上面的示例中：folder：“ Monkey”和folder“ Horse”。

每个.Rmd文件都具有以下首要事项（文件进入静态html网站，并且需要具有self_contained: false：

---
output:
  html_document:
    theme: readable
    self_contained: false
    lib_dir: pub/libs
    css: pub/libs/custom_css/custom.css
    date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
---

但是：当我调用render函数时，我收到此错误：

relativeTo（basepath，dir）中的错误：

路径C：/Users/ac/Dropbox/2014_07_WIP/pub/libs/jquery-1.11.0似乎不是C：/ Users / ac / Dropbox / 2014_07_WIP / Monkey /

因此，我想第rmarkdwown::render一个创建相对于Rmd文件的lib目录，但是期望这些文件相对于输出文件放置。

如何解决这个问题，以便可以在一个文件夹中拥有一组通用的Rmd输入文件，并在不同的文件夹中具有输出，但共享一个公共的lib？

我试图将这样的东西放在炸锅里。

---
output:
  html_document:
    theme: readable
    self_contained: false
    lib_dir: "`r file.path(uddannelse, "libs")`"
    css: "`r file.path(uddannelse, "libs", "custom_css", "custom.css")`"
    date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
---

我得到了这个错误：

  Error in yaml::yaml.load(front_matter) : 

  Parser error: while parsing a block mapping at line 3, column 5did not find expected key at line 5, column 50

Answer 1

我通过在渲染调用中传递一些前面的内容解决了我眼前的问题：

rmarkdown::render("file1.Rmd", 
                   output_dir=file.path(uddannelse),
                   output_file=paste("file1", uddannelse,".html", sep="_"),
                   output_options=list(html_document = 
                     list(self_contained = FALSE, 
                          lib_dir = file.path(uddannelse, "lib"),
                          css = paste("lib", "custom_css", "custom.css",
                                      sep="/"),
                          include = list(
                            after_body = file.path(uddannelse,
                                                  "footer_w_index.html")))),
                   encoding="UTF-8")

请注意，它lib_dir必须相对于Rmd文件并且css必须相对于输出文件。

由于某种原因 - 无论我是否使用paste或输出文件中的file.path(fsep="/", ...)路径css都与 Windows 分隔符（“\”）链接 - 因此在例如 Firefox 中不可用。