用于成对比较的Bash脚本

Question

我想写一个bash脚本来与我的文件进行成对计算.

我在目录中有一个固定文件和一系列文件,我想用它们进行成对比较.

例如:

固定文件的名称是:Genome.vcf一对一目录中成对计算的文件名:ind_GER,ind_ENG,ind_MRO

我想出了以下脚本:

#!/bin/bash

for pop1 in $(find ind_*)
do
for pop2 in $(find ind_*)
do

 vcftools --gzvcf PATH/Genome.vcf --weir-fst-pop $pop1 --weir-fst-pop $pop2 --out $pop1_$pop2_fst

done
done

我得到的错误是:

Error: Requested Missing Argument

显然,我遇到了问题,如果你能帮助我,我将非常感激,谢谢.

Answer 1

改变这个:

--out $pop1_$pop2_fst

对于:

--out ${pop1}_${pop2}_fst

_ 是变量名中的有效字符.