Pat*_*thy 6 r sparse-matrix 32bit-64bit rcpp
我使用一些 C++ 代码从数据库中获取一个文本文件，并从Matrix包中创建一个 dgcMatrix 类型的稀疏矩阵。我第一次尝试构建一个具有超过 2^31-1 个非稀疏成员的矩阵，这意味着稀疏矩阵对象中的索引向量也必须长于该限制。不幸的是，向量似乎使用 32 位整数索引，就像 Rcpp 中的 NumericVectors 一样。
除了从头开始编写全新的数据类型之外，R 是否为此提供了任何便利？我不认为我可以使用太奇特的解决方案，因为我需要glmnet识别结果对象。
稀疏矩阵代数 R 包spam及其spam64扩展支持具有超过 2^31-1 个非零元素的稀疏矩阵。
一个简单的示例（需要约 50 Gb 内存，运行时间约 5 分钟）：
## -- a regular 32-bit spam matrix
library(spam) # version 2.2-2
s <- spam(1:2^30)
summary(s)
## Matrix object of class 'spam' of dimension 1073741824x1,
## with 1073741824 (row-wise) nonzero elements.
## Density of the matrix is 100%.
## Class 'spam'
## -- a 64-bit spam matrix with 2^31 non-zero entries
library(spam64)
s <- cbind(s, s)
summary(s)
## Matrix object of class 'spam' of dimension 1073741824x2,
## with 2147483648 (row-wise) nonzero elements.
## Density of the matrix is 100%.
## Class 'spam'
## -- add zeros to make the dimension 2^31 x 2^31
pad(s) <- c(2^31, 2^31)
summary(s)
## Matrix object of class 'spam' of dimension 2147483648x2147483648,
## with 2147483648 (row-wise) nonzero elements.
## Density of the matrix is 4.66e-08%.
## Class 'spam'
该实现基于dotCall64.C64()中可用的编译代码的 R 接口。
注意：并非所有spam功能都支持 64 位矩阵。
一些链接：
我是dotCall64和spam的作者之一。
在 R 的最新版本中，向量按类型进行索引R_xlen_t，在 64 位平台上为 64 位，而int在 32 位平台上则为 64 位。
Rcpp至今仍然int随处使用。我鼓励您在他们的问题列表中请求该功能。这并不难，但需要有技能、时间和意愿的人系统地参与。开发版本Rcpp11使用了正确的类型，也许他们可以使用它作为模型。
但请注意，即使 R 在 64 位平台上使用 64 位无符号整数，您实际上也受到该double类型可以处理的范围的限制，如果您要求length向量的 ，这就是 R 将为您提供的范围。R 没有可以原生表示的 64 位整数类型，因此当您询问向量的长度时，您会根据值得到anint或 a 。double