如何在R中安装topicmodels包？

Question

我正在尝试在R中安装名为topicmodels的包,但我没有成功.这是我试过的......

操作:使用安装包 install.packages("topicmodels")

结果:

package ‘topicmodels’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :
  package ‘topicmodels’ is not available (for R version 3.1.0)

所以我说好了让我们从源码安装

行动: install.packages("/Users/my_name/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz",repos=NULL,type="source")

结果:

* installing *source* package ‘topicmodels’ ...
** package ‘topicmodels’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c cokus.c -o cokus.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c common.c -o common.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c ctm.c -o ctm.o
ctm.c:29:10: fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found

include gsl/gsl_rng.h

1 error generated.
make: *** [ctm.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘topicmodels’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/topicmodels’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘/Users/me/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz’ had non-zero exit status

那么我研究了这个gsl的东西并且发现了这个链接.目前我认为我的所有问题都已消失,当我最终遵循这些指示时.我收到以下错误(在终端)...

Warning in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) :
  using pax extended headers
ERROR: cannot extract package from ‘topicmodels.tar.gz’

Answer 1

首先,你必须安装gsl.安装完成后,可以尝试安装R软件包.你可以从这里下载gsl (你可以选择最新版本gsl-latest.tar.gz).下载完成后,通过执行以下操作进行安装:

1. 解压下载的文件(在我的情况"最新"文件包含在此版本:gsl-1.16)
2. 打开"终端"

3. 然后(使用终端),移动你在步骤1中创建的文件夹.在我的情况下,我将文件放在名为"Downloads"的文件夹中,所以我通过执行以下操作移动到新创建的文件夹:

   cd Downloads/gsl-1.16
   

4. 进入该文件夹后,运行以下命令(按顺序):

   ./configure
   make
   sudo make install
   

5. 执行此操作后,您将无法获得先前的错误说明fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found,因此您可以再次尝试安装.

6. 现在回到你的R环境(例如,RStudio)再次尝试安装包:

   install.packages("PATH_TO_TOPIC_MODELS.tar.gz", repos=NULL, type="source").
   

我遇到了同样的问题,在这之后我正确地安装了R包,我希望它也适用于你的情况.

Answer 2

如果您已经在使用自制软件。与从源代码手动安装gsl相比，使用变量修复更好，更快。

1. 用自制软件安装gsl brew install gsl

2. 编辑~/.R/Makevars并添加。

   PKG_LIBS = -L / usr / local / opt / gettext / lib
   CFLAGS = -I / usr / local / opt / gsl / include
   LDFLAGS = -L / usr / local / opt / gsl / lib -lgsl -lgslcblas