emb*_*len 5 r time-series temperature bigdata
我已经下载了多个.txt.gz文件用于Hadley海表温度观测。数据已解压缩,从而产生了多个ASCII格式的 .txt文件。
我有以下文件(R脚本是我正在处理的文件):
list.files()
[1] "Get_SST_Data.R" "HadISST1_SST_1931-1960.txt" "HadISST1_SST_1931-1960.txt.gz"
[4] "HadISST1_SST_1961-1990.txt" "HadISST1_SST_1961-1990.txt.gz" "HadISST1_SST_1991-2003.txt"
[7] "HadISST1_SST_2004.txt" "HadISST1_SST_2005.txt" "HadISST1_SST_2006.txt"
[10] "HadISST1_SST_2007.txt" "HadISST1_SST_2008.txt" "HadISST1_SST_2009.txt"
[13] "HadISST1_SST_2010.txt" "HadISST1_SST_2011.txt" "HadISST1_SST_2012.txt"
[16] "HadISST1_SST_2013.txt"
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我希望能够利用温度数据为1950年以来每天的海面温度创建一个数值矢量,从而最终绘制一个时间序列图。
看起来像这样
[ps这仅供参考...]
提前致谢!
小智 3
[编辑:仅在 Linux 上测试]
R 能够读取 NetCDF 格式(http://www.metoffice.gov.uk/hadobs/hadisst/data/HadISST_sst.nc.gz)。解压后可以使用“raster”包读取这些数据,如:
library(raster)
library(xts)
library(caTools)
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一些时间定义:
startYear <- 1950 # start of the period
endYear <- 2011 # end of the period
subp <- '1951-01-01/1980-12-01' # period for the climatology calculation
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打开文件:
sst <- brick('HadISST_sst.nc')
Date <- substr(names(sst),2,11)
Date <- gsub('\\.', '\\-', Date)
Date <- as.Date(Date)
dstart <- paste(startYear,'01','01',sep='-'); dstart <- grep(dstart, Date)
dend <- paste(endYear,'12','01',sep='-'); dend <- grep(dend, Date)
sst <- subset(sst, dstart:dend)
Date <- Date[dstart:dend]
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提取特定点的时间序列(lat=35,lon=120):
tserie <- as.vector(extract(sst, cbind(116, -35)))
tserie <- xts(tserie, order.by=Date)
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计算 subp 周期的气候:
clim <- as.numeric()
for(ii in 1:12){
clim[ii] <- mean(tserie[subp][(.indexmon(tserie[subp])+1) == ii])
}
clim <- xts(rep(clim, length(tserie)/12), order.by=Date)
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计算异常值:
tserie <- tserie - clim
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绘制结果:
par(las=1)
plot(tserie, t='n', main='HadISST')
lines(tserie, col='grey')
lines(xts(runmean(tserie, 12), order.by=Date), col='red', lwd=2)
legend('bottomleft', c('Monthly anomaly','12-month moving avg'), lty=c(1,1), lwd=c(1,2), col=c('grey','red'))
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