使用Numpy查找一组点中的平均距离

Question

我在未知的维空间中有一系列点,例如:

data=numpy.array(
[[ 115, 241, 314],
[ 153, 413, 144],
[ 535, 2986, 41445]])

我想找到所有点之间的平均欧氏距离.

请注意,我有超过20,000点,所以我想尽可能高效地完成这项工作.

谢谢.

Answer 1

如果您可以访问scipy,则可以尝试以下操作:

scipy.spatial.distance.cdist(data,data)

Answer 2

好吧，我不认为有一种超快速的方法可以做到这一点，但这应该做到：

tot = 0.

for i in xrange(data.shape[0]-1):
    tot += ((((data[i+1:]-data[i])**2).sum(1))**.5).sum()

avg = tot/((data.shape[0]-1)*(data.shape[0])/2.)