如何使用 RcppArmadillo 在 Rstudio 中构建 Rcpp 包？

Question

我正在尝试编译一个在 RStudio 中使用 RcppArmadillo 的 Rcpp 包。我只是想编译：

#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

using namespace Rcpp;

// Implementation of MASS' rmvrnorm()

// [[Rcpp::export]]
arma::mat rmvrnorm_arma2(int n, arma::vec mu, arma::mat sigma) {
   int ncols = sigma.n_cols;
   arma::mat Y = arma::randn(n, ncols);
   return arma::repmat(mu, 1, n).t() + Y * arma::chol(sigma);
}

在这里找到：http : //gallery.rcpp.org/articles/simulate-multivariate-normal/

我已将文件 rmvrnorm_arma.cpp 放在 /src/ 目录中。

RStudio 提供以下错误：

==> Rcpp::compileAttributes()

警告消息：使用 Rcpp::depends 属性引用以下包，但未在包描述文件的 Depends 和 LinkingTo 字段中列出：RcppArmadillo

==> Rcmd.exe INSTALL --no-multiarch --with-keep.source Choice38

• 安装到库“F:/Program Files/R/R-3.1.0/library”
• 安装源包'Choice38' ... g++ -m64 -I"F:/PROGRA~2/R/R-31~1.0/include" -DNDEBUG -I"F:/Program Files/R/R-3.1.0 /library/Rcpp/include" -I"d:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/include" -O2 -Wall -mtune=core2 -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o ** libs RcppExports.cpp:9: 1：错误：'arma' 未命名类型 RcppExports.cpp：在函数 'SEXPREC* Choice38_rmvrnorm_arma(SEXP, SEXP, SEXP)'：RcppExports.cpp:16:40：错误：'arma' 未在此范围内声明RcppExports.cpp:16:50: 错误: 模板参数 1 无效 RcppExports.cpp:16:58: 错误: 'mu' 之前的预期初始化程序 RcppExports.cpp:17:50: 错误: 模板中参数 1 的类型/值不匹配'模板结构 Rcpp::traits:: 的参数列表input_parameter' RcppExports.cpp:17:50: 错误:
  预期类型，得到 'arma' RcppExports.cpp:17:58: 错误：'sigma' 之前的预期初始值设定项 RcppExports.cpp:18:9: 错误：'arma' 不是类或命名空间 RcppExports.cpp:18:19 ：错误：预期';' 在 '__result' RcppExports.cpp:19:9 之前：错误：'__result' 未在此范围内声明 make：* [RcppExports.o] 错误 1 ​​警告：运行命令 'make -f "F:/PROGRA~2/R /R-31~1.0/etc/x64/Makeconf" -f "F:/PROGRA~2/R/R-31~1.0/share/make/winshlib.mk" SHLIB_LDFLAGS='$(SHLIB_CXXLDFLAGS)' SHLIB_LD=' $(SHLIB_CXXLD)' SHLIB="Choice38.dll" WIN=64 TCLBIN=64 OBJECTS="RcppExports.o rmvrnorm_arma.o"' 状态为 2 错误：程序包“Choice38”编译失败
• 删除“F:/Program Files/R/R-3.1.0/library/Choice38”

以状态 1 退出。

我不知道为什么 Rcpp / Rstudio 拒绝注意 rmvrnorm_arma 的 cpp 文件顶部的包含和依赖关系语句

如果我尝试使用源加载 .cpp，我在第一次尝试加载时收到以下错误：

Rcpp::sourceCpp('rmvrnorm_arma.cpp') 警告消息：在 normalizePath(path.expand(path), winslash, mustWork) 中：
path[1]="F:/Documents/BoxSync/Choice Project/R Scripts/Rcpp Scripts /RcppArmadillo MCMC/Choice38/src/../inst/include": 系统找不到指定的路径

在第二次尝试加载它时，源被拾取。

在开始在 Rstudio 中以 rcpp 包模式进行开发之前，我对 sourceCpp() 没有任何问题。

Answer 1

该[[Rcpp::depends(...)]]功能适用于sourceCpp()等，对于您应该使用的包Imports:和Depends:等 pp 字段来设置包。

我相信 RStudio 现在存在小错误/麻烦，因为您可能需要交换描述中的字段以消除第一个警告。但它的工作方式不同。

考虑使用我们提供的功能设置一个包：RcppArmadillo.package.skeleton()并从那里开始。

编辑：当然，另一种方法是使用 RcppArmadillo 加载 65 个 CRAN 包中的任何一个并在 RStudio 中构建它，然后比较它们的设置（基本上：Depends/Imports 和 LinkingTo，以及正确的 NAMESPACE 文件）到你目前拥有什么，所以看看你缺乏什么。