为什么rJava不能使用OpenJDK 7在Ubuntu 14.04上运行？

Question

嗨,我有来自cran的rJava包的问题.

我安装了

sudo apt-get install openjdk-7-jdk
sudo apt-get install r-cran-rjava

跑了

sudo R CMD javareconf
# Java interpreter : /usr/bin/java
# Java version     : 1.7.0_55
# Java home path   : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre
# Java compiler    : /usr/bin/javac
# Java headers gen.: /usr/bin/javah
# Java archive tool: /usr/bin/jar

然后我尝试运行R并加载rJava并得到以下错误:

R
> library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

我在Ubuntu 14.04 64位上使用R版本3.1.0(2014-04-10) - "春之舞"

更新:实际上这不是特定于OpenJDK,我只是尝试了oracle java 8并得到了相同的结果.此外,我在这里找到了这个解决方法,我不愿意使用,因为它确实是一种解决方法,并没有真正解释为什么它是必要的.在我看来,包装系统应该处理这个问题.看起来像libjvm.so是问题,我把它放在这里

/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/jamvm/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-oracle/jre/lib/amd64/server/libjvm.so

由于某种原因,尽管使用sudo R CMD javareconf进行更新,但rJava仍无法找到它们.

更新2:情节变浓:如果我将R作为sudo运行它.

感谢指针.

Answer 1

你可以通过在超级用户中打开rstudio来解决这个问题

sudo rstudio

然后在R跑

install.packages('rJava')

Answer 2

我遇到了类似配置的相同问题(R 3.1.0,Ubuntu 12.10,32位).我发现答案是正确设置LD_LIBRARY_PATH,如下所述: 错误:刚才无法加载已安装的软件包,除了有问题的子目录是'客户'而不是'服务器'.所以现在我正在设置我的环境:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386
export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/i386:$JAVA_HOME/jre/lib/i386/client

Answer 3

我能够使用这个答案来解决这个问题:https://stackoverflow.com/a/25932828/3939832

如果您安装了Oracle java 7或8,这将非常有用.在我的案例中导出变量不是一个永久的解决方案.您应该通过执行以下操作来检查R正在使用的环境:

Sys.getenv("JAVA_HOME")

然后您可以通过创建上述答案链接中所述的java.conf文件来使用该环境on /etc/ld.so.conf.d/.

Answer 4

如果您使用的是oracle java,请使用以下命令:

sudo R CMD javareconf

无济于事:

sudo R CMD javareconf **JAVA_HOME**=(path where java home is located)