Cython构建导致未定义的符号

Question

我有一个c ++程序,我正在尝试包装/转换为Cython.它使用特定的库,由于某种原因,不会导致导入的工作模块.顺便说一句,有一个工作的c ++程序.这是setup.py:

ext_modules = [
Extension(
    name="libnmfpy",
    sources=["interface/nmf_lib.pyx"],
    include_dirs = ["../src/", numpy.get_include()],
    libraries=["nmf","mpi_cxx","mpi","m"],
    library_dirs=["../build/Linux/bin.release","/usr/local/lib/","/usr/lib"],
    language="c++",)
]

setup(
name = 'libnmfpy',
cmdclass = {'build_ext': build_ext},
ext_modules = ext_modules,
)

我应该提一下,它似乎是导致问题的libnmf.libnmf的第一个构建将导致此脚本生成此错误:

/usr/bin/ld: ../build/Linux/bin.release/libnmf.a(nmf.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
../build/Linux/bin.release/libnmf.a: could not read symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status

当我用-fPIC重建libnmf时,setup会生成一个libnmfpy.so,但是当我在另一个脚本中导入它时,我会得到上面提到的未定义符号:

Traceback (most recent call last):
File "test.py", line 1, in <module>
    import libnmfpy
ImportError: $path/cython/libnmfpy.so: undefined symbol: _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_

如果它会有所帮助,这是我的搜索建议:

nm libnmfpy.so | grep _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_
             U _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_

nm ../build/Linux/bin.release/libnmf.a | grep _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_
             U _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_

这就是我猜错误的原因.我看一下我认为是libnmf所构建的有问题的库:

nm $another_path/lib/libelemental.a | grep _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_
0000000000005290 T _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_

我对图书馆和链接器不太熟悉,所以任何帮助都会受到赞赏.谢谢

编辑:一点点挖掘让我意识到了什么.我应该注意Mac OS X和Linux之间的区别吗？我为之工作的人写的最初报告没有像这样的构建错误

Answer 1

好吧，我无法尝试重新创建您的设置，然后在我的设置上制定并测试解决方案，因为我没有您的源代码，但在我看来，当您使用 fpic 重新编译 libnmf 时，它是使用动态链接重新编译的，而之前它曾经是静态链接的。

如果我的猜测是正确的，那么你可以尝试：

1. -fPIC使用, AND再次编译 libnmf -static。
2. 更改 setup.py - 添加"elemental"到libraries列表 - 这将使链接器也获取该库。

您应该注意到，方法#1 通常被认为不太理想，但正如我所说，它可能最初是这样编译的。然而，#2 可能需要更多工作，因为如果需要其他库，您还必须找到并添加它们。