ggplot2中的“ gam”平滑问题

Question

我正在尝试在ggplot2中使用GAM平滑。根据此对话和此代码，仅当n> = 1000时，ggplot2才会加载用于通用加性模型的mgcv软件包。否则，用户必须手动加载该软件包。据我了解，对话中的示例代码应使用进行平滑处理geom_smooth(method="gam", formula = y ~ s(x, bs = "cs"))：

library(ggplot2)
dat.large <- data.frame(x=rnorm(10000), y=rnorm(10000))
ggplot(dat.large, aes(x=x, y=y)) + geom_smooth() 

但是我得到一个错误：

geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method.
Error in s(x, bs = "cs") : object 'x' not found

如果尝试以下操作，则会发生相同的错误：

ggplot(dat.large, aes(x=x, y=y)) + geom_point() + geom_smooth(method="gam", formula = y ~ s(x, bs = "cs"))

但是例如线性模型会起作用：

ggplot(dat.large, aes(x=x, y=y)) + geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ x)

我在这里做错了什么？

我的R和软件包版本应该是最新的：

R version 3.0.3 (2014-03-06)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)

other attached packages: mgcv_1.7-29  ggplot2_0.9.3.1 

Answer 1

问题是我summary分配的功能与s我的一样.Rprofile。这混淆了s()函数中的参数gam。我猜应该避免分配太多速记。删除该分配后，一切正常。

避免使.Rprofile速记混淆软件包的一种方法是将它们分配给隐藏环境，并将该环境附加到.Rprofile中。例如（代码是从此处借来的）：

.env <- new.env()
.env$s <- base::summary
attach(.env)

然后s将工作summary直到加载mgcv

dat.large <- data.frame(x=rnorm(10000), y=rnorm(10000))
s(dat.large)
       x                   y            
 Min.   :-3.823756   Min.   :-4.531882  
 1st Qu.:-0.683730   1st Qu.:-0.687335  
 Median :-0.006945   Median :-0.009993  
 Mean   :-0.010285   Mean   :-0.000491  
 3rd Qu.: 0.665435   3rd Qu.: 0.672098  
 Max.   : 3.694357   Max.   : 3.647825  

并且会在加载程序包后更改含义，但不会混淆程序包功能：

ggplot(dat.large, aes(x=x, y=y)) + geom_smooth() # works
s(dat.large)
$term
[1] "dat.large"

$bs.dim
[1] -1

$fixed
[1] FALSE

$dim
[1] 1

$p.order
[1] NA

$by
[1] "NA"

$label
[1] "s(dat.large)"

$xt
NULL

$id
NULL

$sp
NULL

attr(,"class")
[1] "tp.smooth.spec"

上面的EDIT变通办法似乎在我的实际代码中不起作用，这要复杂得多。如果您想保留该summary缩写，最简单的解决方法是rm(s)在加载mgcv之前放置。