R中邻居的空间数据/计算度量

Question

我有形式的二维空间数据(xBin,yBin,value).例如:

DT = data.table(x=c(rep(1,3),rep(2,3),rep(3,3)),y=rep(c(1,2,3),3),value=100*c(1:9))

对于每个bin,我想计算所有相邻bin上的变量"value"的总和.如果bin的索引 - x和y都在距当前bin的一个单位内,则bin被认为是邻居

例如,对于x = 2,y = 2,我想计算

valueNeighbors(x=2,y=2) = value(x=1,y=1)+value(1,2)+value(1,3)
+value(2,1)+value(2,3)
+value(3,1)+value(3,2)+value(3,3)

我的真实数据有~1,000 ^ 2个箱子,我怎样才能有效地做到这一点？

Answer 1

也许用光栅

X <- matrix(1:20, 4)
r <- raster(X)
r
agg <- as.matrix(focal(r,matrix(1,3,3),sum, pad = T, padValue = 0))
agg

     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]   14   33   57   81   62
[2,]   24   54   90  126   96
[3,]   30   63   99  135  102
[4,]   22   45   69   93   70

对于大型数据集,哪种方法更快？

X <- matrix(1:1000000, 1000)
S <- matrix(NA, nrow(X), ncol(X))
r <- raster(X)

system.time(
as.matrix(focal(r,matrix(1,3,3),sum, pad = T, padValue = 0))
)
user  system elapsed 
0.39    0.08    0.47 

使用1000x1000矩阵,我无法使用Winsemius(Win 7 x64 8GB RAM)提出的解决方案在可重复的时间内获得结果