use*_*828 5 biopython blast python-3.x ncbi
当我尝试运行 Biopython 提供的用于 NCBIWWW.qblast 在线搜索的测试文件时,它只是一直挂着,从不响应。当我尝试自己运行任何包含 NCBIWWW.qblast 的脚本时,也会发生同样的情况:它刚刚到达此行并停止。不会发出任何错误消息,不会收到任何结果,并且该过程永远不会以任何方式结束。
产生问题的脚本之一是:
from Bio.Blast import NCBIWWW
result_handle=qblast('blastn', 'nt', 'AGAAAGGGTATATAAAATCAAGAATCTGGGGTGTTTGTGTTGACTTGTATAATTCTTGATTTTTTCAGGTAGTTGAAAAGGTGGGAGAAAAGTGGAGAAGCCTAAGCTGATATTGAAATTCATATGGATGGAAGAACATTGGTTTAGGATTGGATCAAAAAATAGGTGGACATGGAACTGTA')
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
可能是什么问题?
那是完全错误的。可能是您的互联网连接丢失或服务器响应速度太慢。对于任何 NCBI 查询搜索,都需要几分钟才能给您答复。我很快就得到了回复,稍微改变一下再试一次,它应该也适合你:
>>> from Bio.Blast import NCBIWWW
>>> result_handle=NCBIWWW.qblast('blastn', 'nt', 'AGAAAGGGTATATAAAATCAAGAATCTGGGGTGTTTGTGTTGACTTGTATAATTCTTGATTTTTTCAGGTAGTTGAAAAGGTGGGAGAAAAGTGGAGAAGCCTAAGCTGATATTGAAATTCATATGGATGGAAGAACATTGGTTTAGGATTGGATCAAAAAATAGGTGGACATGGAACTGTA')
>>> result_handle
<cStringIO.StringI object at 0x7f3b3cad6718>
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
它应该返回一个对象来处理!
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