将成对距离转换为 R 中的距离矩阵

Question

我有需要显示/转换为距离矩阵的成对距离。R 应该有一个功能，但我不确定是哪一个或如何使用它。我的数据如下所示

A1  A1  0.90
A1  B1  0.85
A1  C1  0.45
A1  D1  0.96
B1  B1  0.90
B1  C1  0.85
B1  D1  0.56
C1  C1  0.55
C1  D1  0.45
D1  D1  0.90

我想转换/显示如下

      A1      B1      C1      D1
A1    0.90    0.85    0.45    0.96
B1            0.90    0.85    0.56
C1                    0.55    0.45
D1                            0.90

我该怎么办？谢谢

Answer 1

你可以使用reshape：

df <- read.table(textConnection("
A1  A1  0.90
A1  B1  0.85
A1  C1  0.45
A1  D1  0.96
B1  B1  0.90
B1  C1  0.85
B1  D1  0.56
C1  C1  0.55
C1  D1  0.45
D1  D1  0.90"))

dfr <- reshape(df, direction="wide", idvar="V2", timevar="V1")
dfr
#   V2 V3.A1 V3.B1 V3.C1 V3.D1
# 1 A1  0.90    NA    NA    NA
# 2 B1  0.85  0.90    NA    NA
# 3 C1  0.45  0.85  0.55    NA
# 4 D1  0.96  0.56  0.45   0.9

d <- as.dist(dfr[, -1])
d
#      1    2    3
# 2 0.85          
# 3 0.45 0.85     
# 4 0.96 0.56 0.45

# reset labels
attr(d, "Labels") <- dfr[, 1]
d
#      A1   B1   C1
# B1 0.85          
# C1 0.45 0.85     
# D1 0.96 0.56 0.45

@alexis_laz 提到的解决方案似乎更优雅：

as.dist(xtabs(df[, 3] ~ df[, 2] + df[, 1]))
#      A1   B1   C1
# B1 0.85          
# C1 0.45 0.85     
# D1 0.96 0.56 0.45