bash 解压缩 gz 并存储在变量中

Question

我需要解压缩一个 .gz 文件并将其存储在一个变量中，以便我以后可以使用它。所以，我的想法是我生成 *.fastq.gz 文件，我需要解压缩它们并只保留 *.fastq 文件。然后，我想将其名称存储在一个变量中，以便我可以调用该文件进行进一步处理。

在这里，有我正在执行的代码： input: $file.fastq.gz 其中 $file 是文件的名称（它会改变，因为此代码在循环内）

reads=$(gunzip $file.fastq)
echo $reads

有人知道这段代码有什么问题吗？为什么它不产生任何输出而程序停留在那个点？非常感谢！;)

Answer 1

如果输入文件是$file.fastq.gz，则生成的输出文件就是.gz删除了扩展名的文件。

gunzip "$file.fastq.gz" & gunzip_pid=$!
reads="$file.fastq"
# Do some more work that doesn't depend on the contents of $file.fastq
# ...
wait $gunzip_pid || { echo "Problem with gunzip"; exit; }
# Do something with the now-complete $file.fastq here

（对被误解的问题的原始答案，保存为有用的非分割者。）

您需要告诉gunzip将未压缩的流写入标准输出，而不是就地解压缩文件。

reads=$(gunzip -c "$file.fastq.gz") || { echo "Problem with gunzip; exit; }
echo "$reads"