如何在Travis CI中使用python-openbabel？

Question

我使用Travis CI作为毒理学绘图项目的一部分.对于这个项目,我需要python-openbabel作为依赖.因此,我已将apt-get安装程序添加到.travis.yml文件中,如下所示(删除了注释).

language: python
python: 
  - "2.7"
before_install:
  - sudo apt-get update -qq
  - sudo apt-get install python-openbabel
install: "pip install -r requirements.txt"
script: nosetests tox.py

但是,所有这些尝试都失败并显示错误消息Error: SWIG failed. Is Open Babel installed?.我尝试将SWIG添加到要安装的应用程序列表中,但无济于事.

另外,我试图按照Openbabel本身的建议添加整个构建过程,这会产生以下travis.yml:

language: python
python: 
  - "2.7"
before_install:
  - sudo apt-get update -qq
  - sudo apt-get install python-openbabel
  - wget http://downloads.sourceforge.net/project/openbabel/openbabel/2.3.1/openbabel-2.3.1.tar.gz?r=http://%3A%2F%2Fsourceforge.net%2Fprojects%2Fopenbabel%2Fopenbabel%2F2.3.1%2Fts=1393727248&use_mirror=switch
  - tar zxf openbabel-2.3.1.tar.gz
  - mkdir build
  - cd build
  - cmake ../openbabel-2.3.1 -DPYTHON_BINDINGS=ON
  - make
  - make install
  - export PYTHONPATH=/usr/local/lib:$PYTHONPATH
install: "pip install -r requirements.txt"
script: nosetests tox.py

尝试解压缩下载的文件时失败.

所有失败的版本都可以在Travis-CI上看到:https
://travis-ci.org/ToxProject/ToxProject Github repo在这里:https://github.com/ToxProject/ToxProject

简而言之,我如何python-openbabel与Travis-CI合作？

Answer 1

通过apt-get安装的openbabel版本是1.7，而requirements.txt中setup.py指定的版本是openbabel>=1.8. 这个make使得apt-get安装的包不满足requirements.txt并且 pip 正在尝试安装它，而不管安装的 openbabel 的旧版本。并且 virtualenv 不使用已经安装的系统软件包。

而通过pip安装openbabel时，需要的头文件libopenbabel不包含在libopenbabel4自动安装的头文件中python-openbabeltravisCI使用的ubuntu 12.04中的版本libopenbabel-dev不能满足openbabel==1.8.

解决方案：

手动安装较新版本的libopenbabel-dev和libopenbabel4：

before_install:
  - sudo apt-get install -qq -y swig python-dev
  - wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/o/openbabel/libopenbabel4_2.3.2+dfsg-1.1_amd64.deb
  - sudo dpkg -i libopenbabel4_2.3.2+dfsg-1.1_amd64.deb
  - wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/o/openbabel/libopenbabel-dev_2.3.2+dfsg-1.1_amd64.deb
  - sudo dpkg -i libopenbabel-dev_2.3.2+dfsg-1.1_amd64.deb