如何将非常大的MATLAB稀疏矩阵保存到文本文件中？

Question

我在MATLAB(版本7)中有一个30000x14000稀疏矩阵,我需要在另一个程序中使用它.调用save不会将其写为ASCII(不支持).调用full()这个怪物会导致 Out of Memory错误.
我该如何出口？

Answer 1

您可以使用find来获取索引和值向量:

[i,j,val] = find(data)
data_dump = [i,j,val]

您可以使用spconvert从data_dump重新创建数据,这意味着"从稀疏矩阵外部格式导入"(所以我猜它是一个很好的导出格式):

data = spconvert( data_dump )

您可以使用以下命令保存到ascii:

save -ascii data.txt data_dump

但是这会将索引转储为double,你可以用fopen/fprintf/fclose更好地写出来:

fid = fopen('data.txt','w')
fprintf( fid,'%d %d %f\n', transpose(data_dump) )
fclose(fid)

希望这可以帮助.

Answer 2

将稀疏矩阵保存为.mat文件.然后,在另一个程序中,使用合适的库来读取.mat文件.

例如,如果其他程序是用Python编写的,则可以使用该scipy.io.mio.loadmat函数,该函数支持稀疏数组并为您提供稀疏的numpy矩阵.

Answer 3

我在 MATLAB 中使用 Java 将其保存为文本。MATLAB代码：

pw=java.io.PrintWriter(java.io.FileWriter('c:\\retail.txt'));
line=num2str(0:size(data,2)-1);
pw.println(line);
for index=1:length(data)
    disp(index);
    line=num2str(full(data(index,:)));
    pw.println(line);
end
pw.flush();
pw.close();

这data是一个非常大的稀疏矩阵。