维护Windows和Linux的本地存储库

Question

我有一些R代码,我想与我办公室里的其他人分享,也可以在我们的服务器上定期运行.我们都有Windows 7桌面,服务器运行Red Hat Enterprise Linux.

我一直在浏览文档,而且我被困住了.以下所有内容都没有完成所有必要步骤,详细说明正确的文件夹结构,或者告诉我如何构建Linux软件包,或者在Linux上构建Windows软件包.

• http://cran.r-project.org/doc/contrib/Leisch-CreatingPackages.pdf
• http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Setting-up-a-package-repository
• 创建本地R包存储库

所以我的代码在git中.

$ mkdir ~/daveStuff
$ cd ~/daveStuff
$ git init
$ git remote add origin git@davez0r.co:/opt/git/daveStuff.git
$ git pull origin master

现在在我的主目录中我有这个文件夹结构:

daveStuff
|-- DESCRIPTION
|-- R
    |-- stuff.R
|-- exec
    |-- script.R

我的描述文件如下所示:

Package: daveStuff
Type: Package
Title: What the package does (short line)
Version: 1.0
Date: 2014-02-03
Author: Who wrote it
Maintainer: Who to complain to <yourfault@somewhere.net>
Description: More about what it does (maybe more than one line)
License: What license is it under?

我在我的一台服务器上运行apache.所以我补充说:

/var/www/html/R/src/contrib/3.0/

这正确映射到以下内容,我在那里读取我放在那里的任何文件:

http://davez0r.co/R/src/contrib/3.0/

我希望能够做到以下几点,从Windows或Linux:

> install.packages("daveStuff", repos="http://davez0r.co/R", type="source")
> library(daveStuff)

所以第一步是我需要将我的库变成一个包.

$ cd ~   # one under the "daveStuff" directory
$ R CMD build daveStuff

这会创建一个zip文件:

~/daveStuff_1.0.tar.gz

现在我将该文件复制到我的存储库位置:

$ cp ~/daveStuff_1.0.tar.gz /var/www/html/R/src/contrib/3.0/

现在,如果我这样:

> install.packages("daveStuff", repos="http://davez0r.co/R", type="source")

 Warning in install.packages :
   unable to access index for repository http://davez0r.co/R/src/contrib

它给了我错误消息,说它无法找到包.所以我创建了一个包清单:

$ cd /var/www/html/R/src/contrib # one under where I put the archive
$ Rscript -e 'tools::write_PACKAGES(".", type="source", subdirs=TRUE)'

这给了我一个PACKAGES文件:

 Package: daveStuff
 Version: 1.0
 MD5sum: 817bbfedeb218ce0331dd7108408c5e6
 NeedsCompilation: no
 Path: ./3.0

现在它在我尝试加载它时有效:

> install.packages("daveStuff", repos="http://davez0r.co/R", type="source")

尚未解决的问题:

• 我丢失了exec目录中的脚本.
  • 我应该将它们包装在函数中并将它们包含在库中吗？
• 我应该坚持使用source包裹吗？
  • 如何在Linux上创建Windows二进制包？

Answer 1

在我看来，你跳过了最后一步。

一个需要

1. 本地包（你有）
2. Linux 的 tarball 和 Windows 的二进制包（不确定）
3. 本地存储库（您启动的）
4. 您的存储库中的元数据（您似乎错过了）

我在工作中通过一个简单的脚本进行类似的设置（一些 Windows，许多 Linux）：

#!/bin/bash

## see e.g. 
## http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html\
##                                       #Setting-up-a-package-repository
## http://stackoverflow.com/questions/2905650/creating-a-local-cran-repository

ver=3.00

rsync -vu *tar.gz /SomeServer/R/src/contrib/
rsync -vu *zip    /SomeServer/R/bin/windows/contrib/${ver}/ 

cd /SomeServer/R/src/contrib/
r -e 'tools::write_PACKAGES(".", type="source")' 

cd /SomeServer/R/bin/windows/contrib/${ver}/
r -e 'tools::write_PACKAGES(".", type="win.binary")' 

我在这里使用Littler 的r 二进制文件，您同样可以使用 Rscript。