将带有字符串的结构化numpy数组传递给cython函数

Question

我试图在cython中创建一个函数,通过定义一个cython结构类型接受一个numpy结构化数组或记录数组.假设我有数据:

a = np.recarray(3, dtype=[('a', np.float32),  ('b', np.int32), ('c', '|S5'), ('d', '|S3')])
a[0] = (1.1, 1, 'this\0', 'to\0')
a[1] = (2.1, 2, 'that\0', 'ta\0')
a[2] = (3.1, 3, 'dogs\0', 'ot\0')

(注意:无论是否使用null终止符,都会出现下面描述的问题)

然后我有cython代码:

import numpy as np
cimport numpy as np

cdef packed struct tstruct:
    np.float32_t a
    np.int32_t b
    char[5] c
    char[3] d

def test_struct(tstruct[:] x):
    cdef:
        int k
        tstruct y

    for k in xrange(3):
        y = x[k]
        print y.a, y.b, y.c, y.d

当我尝试运行时test_struct(a),我收到错误:

ValueError: Expected a dimension of size 5, got 8

如果在数组和相应的struct中重新排序,使得包含字符串的字段彼此不相邻,则函数按预期工作.看起来好像Cython函数没有正确地检测到c和d字段之间的边界,并认为你传递了长度总和的char数组.

如果没有重新调整数据(可能但不理想),还有另一种方法可以将带有固定长度字符串数据的重组传递到Cython中吗？

更新:这似乎是一个潜在的Cython错误.请参阅以下有关Cython谷歌群组的讨论,该群组提示问题出现在哪里:

https://groups.google.com/forum/#!topic/cython-users/TbLbXdi0_h4

更新2:截至2014年2月23日,该错误已在Github上的主cython分支中修复,该补丁计划包含在v0.20.2中:https://github.com/cython/cython/commit/58d9361e0a6d4cb3d4e87775f78e0550c2fea836

Answer 1

这是一个错误，已于 2014 年 2 月 22 日在 Github 上的 cython 主分支中修复，该补丁预计包含在 v0.20.2 中：https: //github.com/cython/cython/commit/58d9361e0a6d4cb3d4e87775f78e0550c2fea836