管道Ipython魔术输出到变量？

Question

我想在我的ipython Notebook中运行一个bash脚本,并将输出保存为python变量中的字符串,以便进一步操作.基本上我想将bash魔法的输出传递给变量,例如输出如下:

%%bash
some_command [options] foo bar

Answer 1

怎么样使用这个:

myvar = !some_command --option1 --option2 foo bar

而不是%%bash魔术？使用该!符号将以下命令作为shell命令运行,结果全部存储在其中myvar.要运行多个命令并收集所有命令的输出,只需将快速shell脚本放在一起即可.

Answer 2

为了完整性,如果您仍想使用%%bash单元格魔法,则可以传递--out和--err标记以将输出从stdout和stderr重定向到您选择的变量.

从doucumentation:

%%bash --out output --err error
echo "hi, stdout"
echo "hello, stderr" >&2

将输出存储在变量中output,error以便:

print(error)
print(output)

将打印到python控制台:

hello, stderr
hi, stdout

Answer 3

请注意@MattDMo ( SList) 和@oLas ( str) 答案之间变量类型的差异：

In [1]: output = !whoami

In [2]: type(output)
Out[2]: IPython.utils.text.SList

In [3]: %%bash --out output
   ...: whoami

In [4]: type(output)
Out[4]: str