从pymol中的笛卡尔坐标绘制彩色球体

Question

我在wiki中查看如何转换以下有关珠子,笛卡尔坐标+能量的信息:

23.4 54.6 12.3 -123.5 54.5 23.1 9.45 -56.7 .......

在pymol中绘制一个包含每个原子的半径为R的球体,以其坐标为中心,以彩色渐变为中心.

谢谢

Answer 1

您所呈现的实际上与分子结构有什么关系(即使用PyMol的动机是什么)？

如果您正在绘制一些分子结构,我建议只输出带有球体坐标的自定义PDB文件(您可以使用每个ATOM线的B因子字段作为控制PyMol中每个原子着色的方法).

如果你没有绘制分子结构,最好使用PyMol的CGO接口.

从PyMol文档:

CGO球体由SPHERE命令生成.

SPHERE,x,y,z,d

其中x,y,z是球心的坐标,d是球体的直径.请注意COLOR命令如何用于设置球体的颜色.与LINES一样,当要绘制的下一个球体的颜色发生变化时,您只需要一个COLOR命令.

一个简单的例子:

from pymol.cgo import *
from pymol import cmd

spherelist = [
   COLOR,    0.100,    1.000,    0.000,
   SPHERE,   30.304,   30.407,   30.531,0.30,
   COLOR,    1.000,    0.000,    0.000,
   SPHERE,   30.250,   30.250,   30.250,0.20,
    ]

cmd.load_cgo(spherelist, 'segment',   1)