调整/手动输入geom_tile的colorbar指南上的中断并替换y轴标签

Question

我正在重新审视大约一年前遇到的这个问题.我希望我的"colourbar"指南能够有效地显示在对数刻度上,以便在查看它时的外观是越来越深的蓝色值反映出更大的意义.

使用以下代码,我生成以下图像:

pz <- ggplot(dat.m, aes(x=variable,y=Category)) +
  geom_tile(aes(fill=value)) +
  xlab(NULL) + ylab(NULL) +
  scale_fill_gradientn(colours=c("#000066","#0000FF","#DDDDDD","white"), 
                   values=c(0,0.05,0.050000000000001,1.0),
                   breaks=c(0, 0.000001, 0.01, 0.05, 1),
                   guide = "colourbar") +
  theme_bw()+
  theme(panel.background = element_blank(),
        panel.border = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank()) +
  theme(legend.position="top",
        legend.text = element_text(angle=45),
        axis.text.x = element_text(angle=45)
  )

或者,我可以将其显示为"传奇"而不是"颜色栏":

但我真正想要的是这样的:

我尝试添加'trans ="log"'(scale_fill_gradientn(trans ="log")),但我的数据中有很多零会导致问题.如果您有任何想法,将不胜感激!

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以前的措辞:

我正在尝试为不同的分类制作不同样本的p值热图.我想在这个图上修改两件事:

1. 我想调整我的geom_tile情节的图例来强调图例比例的下端,同时仍然保持渐变的全部光谱 - 类似于它是如何是对数比例的样子.因此,基本上从1.0-0.05的白色到蓝色的过渡以及从0.05-0.00的蓝色到深蓝色的过渡将在大小上大致相等.有没有办法可以手动调整色条指南？

2. 我想替换y轴名称,以便我可以删除我的"空"行标签.注意,类别在这里只是表示为字母,但在我的真实数据集中它们是长名称.我已经插入了"虚拟"数据行来将分类拆分成chucks并命令每个块中的tile从最重要到最重要 - 我相信有一个更好的解决方案,但这是我想出的我在堆栈溢出时发现的其他想法的失败尝试很多!我试过用它们标记它们scale_y_discrete,但是这与前面提到的订购混杂在一起.

任何这些问题的帮助将不胜感激!

这是一个示例数据集:

dput(dat.m)
structure(list(Category = structure(c(12L, 11L, 10L, 9L, 8L, 
7L, 6L, 5L, 4L, 3L, 2L, 1L, 12L, 11L, 10L, 9L, 8L, 7L, 6L, 5L, 
4L, 3L, 2L, 1L, 12L, 11L, 10L, 9L, 8L, 7L, 6L, 5L, 4L, 3L, 2L, 
1L), class = "factor", .Label = c("j", "i", "empty2", "h", "empty1", 
"g", "f", "e", "d", "c", "b", "a")), variable = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L), .Label = c("b2", "c1", "c2"), class = "factor"), 
    value = c(7.40214650772221e-06, 0.0075828339, 0.1825924627, 
    0.0384381317, 0.0440256659, 0.3659284985, 0.9777569144, 1, 
    0.0075828339, 1, 0.2193606406, 0.3659284985, 0.0004289756, 
    0.0011541045, 0.0004289756, 0.4400885491, 0.6121402215, 0.6724032426, 
    0.2735924085, 1, 0.018824582, 1, 0.4386503891, 0.4249526456, 
    1.05094571578633e-05, 0.0027216795, 0.715979827, 0.0050376405, 
    0.7473334763, 0.9053300832, 1, 1, 0.0015392848, 1, 0.039679469, 
    0.0950327519)), .Names = c("Category", "variable", "value"
), row.names = c(NA, -36L), class = "data.frame")

这是我的代码:

col_blue <- c("#FFFFFF","#000099","#000066","#000033")
ggplot(dat.m, aes(x=variable,y=Category)) +
  geom_tile(aes(fill=value)) +
  xlab(NULL) + ylab(NULL) +
  scale_fill_gradientn(colours=col_blue, values=c(1,0.05,0.01,0),guide="colorbar") +
  theme_mary(base_size=12)

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更新:

所以现在我已经修改了代码,结果如下.我越来越接近我希望实现的目标,但我想使用颜色栏的比例来显示0.05-0.0的渐变.

col_blue <- c("#FFFFFF","#000099","#000066","#000033")
ggplot(dat.m, aes(x=variable,y=Category)) +
  geom_tile(aes(fill=value)) +
  xlab(NULL) + ylab(NULL) +
  scale_fill_gradientn(colours=col_blue, values=c(1,0.05,0.01,0), guide=FALSE) +
  scale_colour_gradientn(guide = "colourbar", limits = c(0,1),breaks=c(1,0.05,0.01,0),values=c(1,0.05,0.01,0),colours=c("#FFFFFF","#000099","#000066","#000033"))

Answer 1

对于(1)，只需在绘制之前（或绘制时）修改用于删除空行的数据即可。例如： ggplot(dat.m[!grepl("^empty", dat.m$Category), ], aes(<etc>...))

对于(2)，您可以专门针对图例覆盖美学。这是一个例子，根据你的口味进行调整： + guides(fill=guide_legend(override.aes=list(alpha=1)))