将ls中的多个ggplots保存为一个并将单独的文件保存在R中

Question

我有几个ggplots作为我的ls上的对象.我想将它们保存为单独的文件(虽然我也有兴趣知道如何将它们全部保存在1个大文件中).我读过这个:问题和问题,但我似乎无法适应代码.我也尝试将它们全部放在一个大文件中,如此处所示,但确实得到了这个错误:Error in do.call("grid.arrange", plots2[[i]]) : second argument must be a list.在一个列表中获取所有ggplots时,我遗漏了一些东西.

这是我到目前为止所尝试的:

> ls() #List of objects on my ls. All the p* are my ggplots that I want to save.
[1] "all"     "dat"     "dat2"    "dat3"    "data"    "dlook"   "dlook2"  "dlook3"  "i"       "look2"   "mdfx"   
[12] "objects" "order"   "p"       "p1"      "p10"     "p11"     "p12"     "p13"     "p14"     "p15"     "p16"    
[23] "p17"     "p18"     "p19"     "p2"      "p3"      "p4"      "p5"      "p6"      "p7"      "p8"      "p9"    

> objects<-ls()
> plot<-objects[14:30]
> plots
 [1] "p1"  "p10" "p11" "p12" "p13" "p14" "p15" "p16" "p17" "p18" "p19" "p2"  "p3"  "p4"  "p5"  "p6"  "p7"  "p8"  "p9" 

> class(plots)
[1] "character"

plots2<-as.list(plots)#Transform into a list. 

library(gridExtra) #Code suggested to create one pdf file.
pdf("test.pdf", onefile = TRUE)
for (i in seq(length(plots2))) {
  do.call("grid.arrange", plots2[[i]])  
}
dev.off()

Answer 1

最好把你的情节列在清单中

l = mget(plots)

然后你可以简单地逐页打印,

pdf("all.pdf")
invisible(lapply(l, print))
dev.off()

或者每个文件保存一个图,

invisible(mapply(ggsave, file=paste0("plot-", names(l), ".pdf"), plot=l))

或者将它们整理在一页中,

ggsave("arrange.pdf", arrangeGrob(grobs = l))

或者将它们排列成多页2x2,

ggsave("arrange2x2.pdf", marrangeGrob(grobs = l, nrow=2, ncol=2))

等等

(另)

Answer 2

作为充实 Joran 评论的示例以及 Baptiste 答案的补充，这就是初始化列表并将绘图预先存储在列表中的方法：

plots <- list()
plots[[1]] <- ggplot(...) # code for p1
plots[[2]] <- ggplot(...) # code for p2

## Depending on if your plots are scriptable, you could use a loop

for (i in 3:10) {
    plots[[i]] <- ggplot(...) # code for plot i
}

那么这个列表，plots，对应于l巴蒂斯特的答案。

使用列表时，单括号 ,[用于子列表，必须使用双括号[[来获取列表的元素。例如，plots[[1]]将为您提供ggplot的第一个元素的对象plots，但plots[1]将为您提供一个长度为 1 的列表，其中包含第一个图作为元素。一开始这可能看起来令人困惑，但它是有道理的，特别是如果您只想绘制前三个图，那么您可以在巴蒂斯特的任何示例中使用myplots[1:3]而不是。l（请参阅?"["获取更多详细信息。）

每当您发现自己用数字按顺序命名变量时，例如，x1, x2, x3，就很好地表明您应该使用列表。

Answer 3

请注意，您不必使用lapply。假设您有一个包含所有图解的列表：

MyPlots = list(plot1, plot2, plot3)

只需使用：

pdf("all.pdf")
MyPlots
dev.off()

Answer 4

如果情节p1,p10等已经存在,并且你希望他们保存p1.pdf,等等,那么我认为这应该这样做:

lapply(plots,function(x){ggsave(file=paste(x,"pdf",sep="."),get(x))})

ggsave(...) 有许多参数用于指定输出文件的维度和格式.