为什么在R中的heatmap.2无法读取数字数据框？

Question

我有以下数据

GOBPID  Term    col1 col2 col3 col4 col5
GO:0001659  temperature_homeostasis 3.49690559977475    0   0   0   0
GO:0001660  fever_generation    3.22606939096511    0   0   0   0

我尝试用heatmap.2函数读取:

library("gplots")
dat <- read.table("http://dpaste.com/1486837/plain/",header=TRUE)
dat   <- dat[,!names(dat) %in% c("GOBPID")];
dat2 <- dat[,-1]
rownames(dat2)<-dat[,1]
heatmap.2(dat2,symm=FALSE,trace="none");

根据我的理解,它应该正确读取data.frame.但为什么它失败了？

Error in heatmap.2(dat, symm = FALSE, trace = "none") : 
  `x' must be a numeric matrix

更新: 我发现这很奇怪,因为这项工作,

library("gplots")
round(Ca <- cor(attitude), 2)
heatmap.2(Ca, symm = FALSE, margins = c(6,6)) 

结构Ca与我的相同dat2,不是吗？

Answer 1

函数heatmap.2()期望x将是数字矩阵.因此,您需要dat2使用函数将数据框转换为矩阵as.matrix().

heatmap.2(as.matrix(dat2),symm=FALSE,trace="none")