PCA仅包含一个主要成分

Question

我有三个环境变量的环境样带数据.我在R的三个环境变量中执行了PCA.我想在一个主要组件上绘制我的点(我的横断面上的网站).如果我plot()在R中使用该函数,它会生成一个二维双标图.

如何创建我的PCA的一维图？

这是我做的:

pca1= princomp(~ X250 + X500 + shear, data=data, scores=TRUE, cor=TRUE)
plot(pca1)

Answer 1

如何创建我的PCA的一维图？

您可以使用纯素包中的linestack()函数来绘制单个PCA轴的图(其他人已经指出了导致您在这种情况下只获得单个组件的错误).

例如:

library("vegan")
data(dune)

## fit PCA
pca <- rda(dune, scale = TRUE)

## 1D plot
linestack(scores(pca, choices = 1, display = "species"))
linestack(scores(pca, choices = 1, display = "sites"), side = "left", add = TRUE)

这使

参数choices选择您要绘制的尺寸.在上面的示例中,这是组件1,但可以通过这种方式选择任何组件.