一种测试外显子/内含子/ utr基因组位置的方法？

Question

我想测试一堆形式的基因组位置:

chr4:154723876-154724615
chr6:139580853-139581090
chr18:30440532-30441569

我想看看它们是位于UTR还是内含子或外显子或基因间序列.我不关心这些坐标是哪些基因的内含子(等)的信息.

我假设每个已知的遗传元件(如外显子)都定义了基因组位置(每条染色体上基因组的起始位置).我知道外显子和内含子也是如此,例如Ensembl在基因组中有每个外显子的ID:参见Mus musclulus中Amy1基因的外显子和内含子的例子.我想用上面的位置列表查询这些位置的数据库,如果两者之间有重叠(理想情况下我应该能够指定重叠,比如说,至少10bp,但如果不是,我可以) ,我应该受欢迎(是的,这个区域在外显子/内含子/)

差点在于我有几千个这样的位置,并且理想情况下想要一次性查询它们并且作为输出有一个表格,其中每个位置将被分配为"内含子/外显子/ utr/intergenic".有机体是Mus musculus,位置来自整个基因组.

我现在不能提供我正在尝试做的代码示例,因为我不知道从哪里开始 - 如果我有一个包或任何内容可以帮助我找到解决方案.

如果我可以在R中完成,那将是完美的,但AFAIK我不能在biomaRt中做到这一点,我找不到一个包来做它.我想到了Galaxy,但是考虑到他们这样做的非平凡方式和他们产生的奇怪输出,我宁愿坚持R.你知道的魔鬼等.

非常感谢帮助.

Answer 1

NCBI 有染色体图谱查看器

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?TAXID=9606&CHR=4&MAPS=ideogr,morbid[11164.00%3A11170.00]&QSTR=EVC%20OR%20HD%20OR%20FGFR3%20OR% 20SNCA%20OR%20NRCLP%20OR%20FOP&QUERY=uid(1968,2105,2886,6280,13348,20241,9026199,9026201,9026283,9026440,9027752,9027884)&缩放=100

左侧有两个搜索框，上面写着区域显示。