如何使用python从图像堆栈中读取时间序列？

Question

我正在尝试将图像堆栈读入3-d矩阵（例如X，Y，Z）。目的是遍历整个图像（从（X1，Y1）到（Xn，Yn）。在每个位置，例如（X1，Y3），我想读取整个Z数组并对其进行一些处理。例如，图像将包含计算结果。

举例来说，假设我有12幅（3x3）具有反射率数据的图像，每幅图像给出一个月的反射率。

图片1

   X1 X2 X3
Y1 10 10 14
Y2 12 14 16
Y3 10 19 17

图片2：

   20 21 23
   20 23 29
   21 22 21

。。。

图片7：

   50 50 60
   60 70 60
   65 67 80

。。。

图片12：

   X1 X2 X3
Y1 10 11 12
Y2 10 16 17
Y3 12 13 14

因此，最后，我想读取每个（X，Y）位置的z数组。从（X1，Y1）开始，到（X12，y12）结束。例如，在（X1，Y3），Z数组为：[10，21，。，。，。，65，。，。，。，12]。我将在数组上应用一些函数，例如，数组的最大值。例如，位置（X1，Y3）的新输出图像的值将为65。

我使用ENVI图像处理库在IDL中做了类似的操作。但是我真的很想用python做到这一点，因为我的目标是切换到开源语言。我刚刚开始使用python，到目前为止，我的搜索还没有给我任何解决方案，这就是为什么我要寻求经验丰富的python用户的帮助。

非常感谢，安吉拉

Answer 1

实际上，使用numpy非常简单，因此我将立即为您提供一些代码。请注意，它不一定是完整的解决方案。

import numpy as np
import cv2

image_files = [] # Your list of files
image_height = 3
image_width = 3
image_stack = np.empty((image_height, image_width, len(image_files))) # Create empty HxWxN array/matrix

for i, fname in enumerate(image_files):
    img = cv2.imread(fname, cv2.CV_LOAD_IMAGE_GRAYSCALE)
    image_stack[:,:,i] = img # Set the i:th slice to this image

mean_img = np.mean(image_stack, axis=2) # Take the mean for each pixel

由于我们仅使用OpenCV进行图像加载，因此您当然可以将其切换为其他类型，只要它能为您提供一个numpy数组即可。

如果您有任何疑问，请发表评论，我会相应地进行更新。