将std :: vector转换为Rcpp矩阵

Question

这是一个与Rcpp转换相关的Q.我正在寻找将长std :: vector转换为Rcpp矩阵对象,但想知道是否有一个简单的转换格式.当然,你可以遍历每个元素并填充一个空的Rcpp矩阵,但这似乎容易出错,如果可以采用更方便的方法,则可能是不必要的.

我问的原因是我想在一些现有的C++代码中使用OpenMP,但是直接在OpenMP循环中将元素存储在Rcpp矩阵对象中似乎不能正常工作(而加载std :: vector对象并转换在OpenMP循环完成后到矩阵似乎是解决问题的一个不错的方法).

任何帮助将不胜感激!

Answer 1

扩展Dirk的答案; R矩阵实际上只是具有dim属性集的向量

> x <- 1
> y <- as.matrix(x)
> .Internal( inspect(x) )
@7f81a6c80568 14 REALSXP g0c1 [MARK,NAM(2)] (len=1, tl=0) 1 ## data
> .Internal( inspect(y) )
@7f81a3ea86c8 14 REALSXP g0c1 [NAM(2),ATT] (len=1, tl=0) 1 ## data
ATTRIB:
  @7f81a3e68e08 02 LISTSXP g0c0 [] 
    TAG: @7f81a30013f8 01 SYMSXP g1c0 [MARK,LCK,gp=0x4000] "dim" (has value) 
    @7f81a3ea8668 13 INTSXP g0c1 [NAM(2)] (len=2, tl=0) 1,1

请注意如何的"数据"组件x和y只是REALSXPS中,但你有这个额外dim的基质成分.使用它,我们可以轻松地将a转换NumericVector为矩阵Rcpp.

(注意:在下面的示例中,我SEXP在属性中使用,因此类型之间的转换是显式的):

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
SEXP vec_to_mat(SEXP x_) {
  std::vector<double> x = as< std::vector<double> >(x_);
  /* ... do something with x ... */
  NumericVector output = wrap(x);
  output.attr("dim") = Dimension(x.size(), 1);
  return output;
}

/*** R
m <- c(1, 2, 3)
vec_to_mat(m)
*/

给我

> m <- c(1, 2, 3)

> vec_to_mat(m)
     [,1]
[1,]    1
[2,]    2
[3,]    3

因此,您可以使用Dimension该类并将其分配给dim向量的属性,以在Rcpp中"手动"创建矩阵.

Answer 2

你选择了一个好的方法.在OpenMP上下文中,您必须远离单线程R.所以std::vector很好.

是的,我们有构造函数从std::vectorto Rcpp::NumericVector和Rcpp::NumericMatrix(毕竟只是一个带有维度属性的向量)以及Rcoo:Integer*变体,以及通常as<>和wrap转换器.

Rcpp单元测试,Rcpp示例以及Rcpp Gallery站点上应该有大量示例.

编辑:这是一个非常简单的例子:

 R> cppFunction('NumericVector phil(int n) { std::vector<double> x(n);
 +              return wrap(x); }') 
 R> phil(4)  
 [1] 0 0 0 0    
 R>