使用 RnetCDF 打开和读取多个 netcdf 文件

Question

使用 R，我试图打开单个文件夹（例如 20 个文件）中的所有 netcdf 文件，读取单个变量，并创建一个结合所有文件值的单个 data.frame。我一直在使用 RnetCDF 来读取 netcdf 文件。对于单个文件，我使用以下命令读取变量：

library('RNetCDF')
nc = open.nc('file.nc')
lw = var.get.nc(nc,'LWdown',start=c(414,315,1),count=c(1,1,240))

其中 414 和 315 是我想要提取的值的经度和纬度，240 是时间步数。

我找到了这个线程，它解释了如何打开多个文件。在此之后，我设法使用以下方法打开文件：

 filenames= list.files('/MY_FOLDER/',pattern='*.nc',full.names=TRUE)
 ldf = lapply(filenames,open.nc)

但现在我被困住了。我试过

  var1= lapply(ldf, var.get.nc(ldf,'LWdown',start=c(414,315,1),count=c(1,1,240)))

但它不起作用。增加的复杂性是每个 nc 文件都有不同数量的时间步长。所以我有两个问题：

1：如何打开所有文件，读取每个文件中的变量并将所有值合并到一个数据框中？2：如何将最后一个维度设置count为所有文件都不同？

Answer 1

以下@mdsummer的评论，我尝试了一个 do 循环，并设法完成了我需要的一切：

# Declare data frame
df=NULL

#Open all files
files= list.files('MY_FOLDER/',pattern='*.nc',full.names=TRUE)

# Loop over files
for(i in seq_along(files)) {
nc = open.nc(files[i])

# Read the whole nc file and read the length of the varying dimension (here, the 3rd dimension, specifically time)
lw = var.get.nc(nc,'LWdown')
x=dim(lw)

# Vary the time dimension for each file as required
lw = var.get.nc(nc,'LWdown',start=c(414,315,1),count=c(1,1,x[3]))

# Add the values from each file to a single data.frame
rbind(df,data.frame(lw))->df
}

可能有更优雅的方式，但它有效。