Rscript无法找到功能

Question

我需要通过bash shell运行几个脚本,Rscript并且我使用的一些函数需要该函数isGeneric.但是,在这种情况下,流程就像那样(例如):

Error in .getLogLik() : could not 
find function "isGeneric"
Calls: main -> dredge -> .getLik -> .getLogLik
Execution halted

这可以如下再现

# in the bash shell
echo "isGeneric('apply')" > /tmp/test.R
Rscript /tmp/test.R

结果:

Error: could not find function "isGeneric"
Execution halted

但是,如果我们打开一个R会话并键入以下内容,它的工作原理如下:

# in the R shell
isGeneric('apply')
[1] FALSE

你知道问题的来源以及如何解决吗？

Answer 1

根据help(Rscript),Rscript默认情况下不加载方法包,因为它很耗时.所以你要么在命令行上指定它:

Rscript --default-packages=methods file.R

或者library(methods)在你正在调用的文件的顶部.