库中的错误(功能):没有名为'functional'的包 - 使用rmr2运行MR时

Question

我试图在单节点Hadoop集群中使用rmr2运行一个简单的MR程序.这是设置的环境

Ubuntu 12.04(32位)
R(Ubuntu附带2.14.1,因此更新到3.0.2)
从这里安装了最新的rmr2和rhdfs 以及相应的依赖项
Hadoop 1.2.1

现在我正在尝试运行一个简单的MR程序

Sys.setenv(HADOOP_HOME="/home/training/Installations/hadoop-1.2.1")
Sys.setenv(HADOOP_CMD="/home/training/Installations/hadoop-1.2.1/bin/hadoop")

library(rmr2)  
library(rhdfs)

ints = to.dfs(1:100)  
calc = mapreduce(input = ints, map = function(k, v) cbind(v, 2*v))
from.dfs(calc)

mapreduce作业失败,并在hadoop-1.2.1/logs/userlogs/job_201310091055_0001/attempt_201310091055_0001_m_000000_0/stderr中显示以下错误消息

Error in library(functional) : there is no package called ‘functional’  
Execution halted  
java.lang.RuntimeException: PipeMapRed.waitOutputThreads(): subprocess failed with code 1  
        at org.apache.hadoop.streaming.PipeMapRed.waitOutputThreads(PipeMapRed.java:362)  
        at org.apache.hadoop.streaming.PipeMapRed.mapRedFinished(PipeMapRed.java:576)  

但是,sessionInfo()显示功能包已加载

> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)

>locale:
 [1] LC_CTYPE=en_IN       LC_NUMERIC=C         LC_TIME=en_IN       
 [4] LC_COLLATE=en_IN     LC_MONETARY=en_IN    LC_MESSAGES=en_IN   
 [7] LC_PAPER=en_IN       LC_NAME=C            LC_ADDRESS=C        
[10] LC_TELEPHONE=C       LC_MEASUREMENT=en_IN LC_IDENTIFICATION=C 

>attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

>other attached packages:
 [1] rhdfs_1.0.6    rJava_0.9-4    rmr2_2.3.0     reshape2_1.2.2 plyr_1.8      
 [6] stringr_0.6.2  **functional_0.4** digest_0.6.3   bitops_1.0-6   RJSONIO_1.0-3 
[11] Rcpp_0.10.5

更新:我可以在不使用此处提到的rmr2和rhdfs库的情况下从STDIO运行R MR作业读取和写入.所以,现在我的猜测是问题被隔离到rmr2和rhdfs包.

如何解决这个问题？

Answer 1

在系统目录而不是自定义目录(〜/ R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0)中安装rmr2/rhdfs的依赖项.这可以通过运行R作为sudo然后安装依赖项来完成.感谢Antonio在RHadoop论坛上的帮助.