具有相同bray-curtis相似性的线绘制在R中的MDS上

Question

有人知道如何在R中的MDS图上绘制相等相似线(由Bray-Curtis矩阵确定).

我已设法将群集(hclust())覆盖到MDS(metaMDS())上以获取社区组合数据,但希望在相同或更高相似度的网站周围绘制组合外壳.

Answer 1

如果您有一个hclust-object,则可以使用它cutree()来提取具有大于特定值的相异性的组.

该分组变量可以通过ordihull()或绘制到NMDS图上ordispider().

这是一个例子:

require(vegan)
data(dune)

# nmds
nmds <- metaMDS(dune)

# cluster
clus <- hclust(vegdist(dune))
plot(clus)
rect.hclust(clus, h = 0.6)

# extract groups with similarity > 0.6 between
group_clus <- cutree(clus, h=0.6)


# plot those 4 groups
plot(nmds, display = 'sites', type = 'text')
ordihull(nmds, groups=group_clus)