jac*_*ack 6 parallel-processing performance matlab
有人可以帮忙吗?我是一位相当有经验的Matlab用户,但我在加速下面的代码时遇到了麻烦.
我使用12个内核在所有三个循环中运行的最快时间是〜200s.实际功能将被调用~720次,并且以此速率执行需要40多个小时.根据Matlab分析器,大部分cpu时间都花在指数函数调用中.我已经设法使用gpuArray大幅提高了速度,然后在Quadro 4000显卡上运行exp调用,但这会阻止parfor循环的使用,因为工作站只有一个显卡,可以消除任何收益.任何人都可以提供帮助,或者这段代码是否接近使用Matlab可以实现的最佳值?我用openMP编写了一个非常粗略的c ++实现,但收效甚微.
提前谢谢了
function SPEEDtest_CPU
% Variable setup:
% - For testing I'll use random variables. These will actually be fed into
% the function for the real version of this code.
sy = 320;
sx = 100;
sz = 32;
A = complex(rand(sy,sx,sz),rand(sy,sx,sz));
B = complex(rand(sy,sx,sz),rand(sy,sx,sz));
C = rand(sy,sx);
D = rand(sy*sx,1);
F = zeros(sy,sx,sz);
x = rand(sy*sx,1);
y = rand(sy*sx,1);
x_ind = (1:sx) - (sx / 2) - 1;
y_ind = (1:sy) - (sy / 2) - 1;
% MAIN LOOPS
% - In the real code this set of three loops will be called ~720 times!
% - Using 12 cores, the fastest I have managed is ~200 seconds for one
% call of this function.
tic
for z = 1 : sz
A_slice = A(:,:,z);
A_slice = A_slice(:);
parfor cx = 1 : sx
for cy = 1 : sy
E = ( x .* x_ind(cx) ) + ( y .* y_ind(cy) ) + ( C(cy,cx) .* D );
F(cy,cx,z) = (B(cy,cx,z) .* exp(-1i .* E))' * A_slice;
end
end
end
toc
end
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
需要考虑的一些事情:
您考虑过使用单打吗?
您能否对 cx、cy 部分进行向量化,以便它们代表数组运算?
考虑更改浮点舍入或信号模式。