如何使用 R 调用/执行 imageJ 宏？

Question

我在 imageJ 中编写了一个宏，它会输出一个数据框，然后在 R 中进行分析。我希望能够在 R 中运行整个过程，而不必先在 imageJ 中手动运行宏。目前宏提示用户输入和输出目录，然后做它的事情。我在想 R 中必须有一个函数可以让我指定宏以及输入和输出目录（然后我可以在宏中重新编码这些变量以某种方式通过 R 脚本获取这些参数？）

我认为我可以使用 system() 命令，并从网络上的其他地方找到了这个诱人的线索：

system("./JavaApplicationStub  directory file[i] -batch zmacro") 

但我不确定如何实现这一点（我的宏已经使用了批处理，因此该部分是不必要的）。

Answer 1

感谢 nograpes 和 Kota （以及更多的谷歌搜索），问题得到了解决。

Kota 中通过 R 调用 imageJ 宏如下：

system("/Applications/ImageJ/ImageJ.app/Contents/MacOS/JavaApplicationStub -batch 
/Users/xxxx/Desktop/testmacro.txt")

我正在使用的特定宏需要输入和输出目录。为了在 R 中进行编码，我在系统调用中添加了一个参数：

system("/Applications/ImageJ/ImageJ.app/Contents/MacOS/JavaApplicationStub -batch 
/Users/acgerstein/Desktop/testmacrobatch.txt 
/Users/acgerstein/Desktop/130829Pos_24h/*/Users/acgerstein/Desktop/temp/")

据我所知 imageJ 只支持传入一个参数。所以我用“ * ”分隔输入目录和输出目录。

imageJ 中的代码如下所示：

folders = getArgument;
delimiter = "*";
parts=split(folders, delimiter);
dir1 = parts[0];
dir2 = parts[1];

最令人意外的事情是，通常通过 imageJ 中的宏打印的日志文件现在显示在 R 控制台中。

恶作剧管理。