Mic*_*ton 6 database search bioinformatics dna-sequence web
我想为我工作的实验室创建一个带有Web前端的rRNA序列数据库.在生物学中,想要使用BLAST和HMMER等对齐算法搜索大量序列似乎很常见,所以我想知道是否存在是任何现有的php/python/rails项目,允许使用网站搜索表单轻松创建通用序列数据库？
一些不那么准系统的东西是http://gmod.org/ - 最简单的安装应该给你一个爆炸形式和一个"序列浏览器"界面.不知道是否还有一个hmmer形式......
(很好地扩展 - 从简单的sqlite到真正的数据库)
或者,您可能想要查看galaxy服务器.http://main.g2.bx.psu.edu/
它的第一个目标是让非计算人员轻松进行复杂的基因组查询,但我不知道它是否有爆炸性的开箱即用
欢呼,yannick
更新 - 部分受到这篇文章的启发,我们正在开发一个简单的本地blast服务器,作为wwwblast的易于部署的替代品.正在http://www.sequenceserver.com上进行的工作.一个演示服务器可以让你BLAST蚂蚁基因组.
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