将R中的图保存为GIF

Question

在R中,我使用函数savePlot将图形保存到图像文件中.但我的同事只能打开.jpgs和.gifs(可能是因为他正在度假,在手机上阅读电子邮件).我讨厌创造jpegs,因为特别是箱形图看起来非常难看(胡须模糊等).但该savePlot功能仅支持以下类型:

type = c("wmf", "emf", "png", "jpg", "jpeg", "bmp",
                  "tif", "tiff", "ps", "eps", "pdf")

如何在R中保存GIF中的情节？

编辑:如果可能的话,理想的解决方案应该可以在不安装ImageMagick的情况下工作(这样R脚本很容易移植).

Answer 1

R没有原生的GIF图形驱动程序,大部分(完全？)由于GIF格式的专利保留:请参阅http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/help/05/02/12809. HTML .

caToolspackage(write.gif())中有一个函数,但它专门用于编写图像.如果你想使用它,你必须先做一些hacky来将你的绘图转换为图像(例如保存为PNG,然后将其作为图像读回R).例如:

png("myPlot.png")
plot(rnorm(1000),rnorm(1000))
dev.off()
library(png)
P1 <- readPNG("myPlot.png")
library(caTools)
write.gif(P1,"myPlot.gif")
showGIF <- function(fn) system(paste("display",fn))
showGIF("myPlot.gif")
unlink("myPlot.gif")  ## clean up

?write.gif() 有很多关于颜色索引的东西,我没有读过,但这对于更复杂的图表可能很重要......

该animation软件包具有saveGIF()保存GIF 的功能,但(1)它用于保存多帧动画(不是通用图形),(2)它通过调用ImageMagick来实现.

只是自己构建该功能更容易.

• 安装ImageMagick(http://imagemagick.org)
• 保存为PNG,然后使用ImageMagick进行转换.

例如:

png("myPlot.png")
plot(rnorm(1000),rnorm(1000))
dev.off()
system("convert myPlot.png myPlot.gif")
unlink("myPlot.png") ## clean up
showGIF("myPlot.gif")
unlink("myPlot.gif") ## clean up

当然,如果你想定期使用它们,你可以在函数中使用其中任何一个.

更新:我花了一些时间来尝试获得纯R解决方案,但还没有一个有效的解决方案.建议或编辑欢迎......

## needs ImageMagick: just for testing ...
showGIF <- function(fn) system(paste("display",fn))

主要功能:

saveGIF <- function(fn,verbose=FALSE,debug=FALSE) {
    require(png)
    require(caTools)
    tmpfn <- tempfile()
    on.exit(unlink(tmpfn))
    savePlot(tmpfn,type="png")
    P1 <- readPNG(tmpfn)
    dd <- dim(P1)
    P1 <- aperm(P1,c(3,1,2),resize=TRUE)  ## P1[,1,15]
    dim(P1) <- c(dd[3],prod(dd[1:2]))
    P1 <- t(P1)
    if (verbose) cat("finding unique colours ...\n")
    P1u <- unique(P1)
    rgbMat <- function(x) {
        rgb(x[,1],x[,2],x[,3])
    }
    if (verbose) cat("creating colour index ...\n")
    pp <- paste(P1[,1],P1[,2],P1[,3],sep=".")
    ## make sure factor is correctly ordered
    ind <- as.numeric(factor(pp,levels=unique(pp))) 
    if (verbose) cat("finding colour palette ...\n")
    if (nrow(P1u)>256) {
        if (verbose) cat("kmeans clustering ...\n")
        kk <- kmeans(P1u,centers=256)
        ind <- kk$cluster[ind]
        pal <- rgbMat(kk$centers)
    } else {
        pal <- rgbMat(P1u)
    }
    ## test:
    if (debug) {
        dev.new()
        par(mar=rep(0,4))
        image(t(matrix(ind-1,nrow=dd[1])),col=pal,axes=FALSE,ann=FALSE)
    }
    if (verbose) cat("writing GIF ...\n")
    indmat <- matrix(ind-1,nrow=dd[1])
    storage.mode(indmat) <- "integer"
    write.gif(indmat,fn,col=as.list(pal),scale="never")
}


X11.options(antialias="none")
image(matrix(1:64,nrow=8),col=rainbow(10))
saveGIF("tmp.gif",verbose=TRUE,debug=TRUE)
showGIF("tmp.gif")