从命令行运行R脚本

Question

我有一个文件,名为a.r,它有一个chmod755,

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

我如何通过命令行运行它？

Answer 1

如果要将输出打印到终端,最好使用Rscript

Rscript a.R

请注意,在使用R CMD BATCH a.R该输出而不是将输出重定向到标准输出并在终端上显示时,将创建一个名为a.Rout的新文件.

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

如果您真的想使用methods调用脚本的方式,可以./a.R在脚本顶部添加一个适当的

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

我还要注意,如果你在*unix系统上运行,那么有一个有用的小型软件包可以为R提供简单的命令行管道.

Answer 2

这不直接回答这个问题.但有人可能会在这里结束,因为他们想从终端运行R的oneliner.例如,如果您只想安装一些丢失的软件包并退出,这个oneliner可以非常方便.当我突然发现我错过了一些软件包时,我经常使用它,我想将它们安装到我想要的地方.

R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))' # install to default location. 
sudo R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' # install to location that requires root. 

Answer 3

从命令行运行R脚本的另一种方法是:

R < scriptName.R --no-save  

或者--save.

另请参阅在命令行(终端)上使用R脚本的最佳方法是什么？.

Answer 4

您需要?Rscript命令从终端运行R脚本.

查看http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

例

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Answer 5

如何通过多个命令使用knitr和rmarkdown在命令中运行Rmd,然后将HTML文件上载到RPub

下面是一个示例:加载两个库并运行R命令

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

Answer 6

在 *Unix 系统中使用 Rscript 的另一种方法是Process Substitution。

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

这显然与接受的答案相同，但这允许您操作和运行文件，而无需保存命令行的功能，例如：

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

与它类似，Rscript -e "Rcode"它也允许在不保存到文件的情况下运行。因此它可以与生成 R 代码的脚本结合使用，例如：

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa