在R中的列表元素上应用“昏暗”功能

Question

我有n名单的数量，让说list1，list2，... listn。每个列表有10个元素，我需要计算每个列表的10个元素的“暗淡”的“均值”。因此，输出应为length的向量n。

例如，输出向量的第一个元素应为：

n1 = mean(dim(list1[[1]]), dim(list1[[2]]), dim(list1[[3]]), ..., dim(list1[[10]]) 

我知道如何使用for-loops 获得它，但是我确信这不是最佳解决方案。

列表具有从称为“ edgeR”的“ Bioconductor” R软件包之一衍生的结构。因此，列表的每个元素都具有以下结构：

 $ :Formal class 'TopTags' [package "edgeR"] with 1 slots
  .. ..@ .Data:List of 4
  .. .. ..$ :'data.frame':      2608 obs. of  4 variables:
  .. .. .. ..$ logFC : num [1:2608] 6.37 -6.48 -5.72 -5.6 -4.01 ...
  .. .. .. ..$ logCPM: num [1:2608] 5.1 2.55 2.08 1.57 3.08 ...
  .. .. .. ..$ PValue: num [1:2608] 3.16e-292 1.57e-187 2.15e-152 5.58e-141 1.27e-135 ...
  .. .. .. ..$ FDR   : num [1:2608] 7.37e-288 1.83e-183 1.67e-148 3.25e-137 5.92e-132 ...
  .. .. ..$ : chr "BH"
  .. .. ..$ : chr [1:2] "healthy" "cancerous"
  .. .. ..$ : chr "exact"

由于每个列表都有10个元素，因此在运行时，我会重复上述结构的10个步骤：

str(list1)

Answer 1

原始问题

lapply（或sapply）是您的朋友：

mean(sapply(mylist,dim))

如果您有许多具有统一含义和结构的列表，则应改用列表列表（即mylist[[3]]而不是mylist3）。

编辑的问题

sapply(mylist, function(x) mean(sapply(x,dim)))

将返回内部列表均值的向量。

评论中的问题

如果您的列表包含矩阵而非向量，并且您希望对其中一个维度（dim(.)[1]或dim(.)[2]）求平均值，则可以使用ncol和nrow代替dim。

或者，您可以在那里传递任何功能，例如，

sapply(mylist, function(x) mean(sapply(x, function(y) sum(dim(y)))))

平均尺寸的总和。