R错误"总和对因素无意义"

Question

我有一个名为rRna_RDP_taxonomy_phylum的文件,其中包含以下数据:

364  "Firmicutes"            39.31
244  "Proteobacteria"        26.35
218  "Actinobacteria"        23.54
65   "Bacteroidetes"         7.02
22   "Fusobacteria"          2.38
6    "Thermotogae"           0.65
3     unclassified_Bacteria  0.32
2    "Spirochaetes"          0.22
1    "Tenericutes"           0.11
1     Cyanobacteria          0.11

我正在使用此代码在R中创建饼图:

if(file.exists("rRna_RDP_taxonomy_phylum")){
    family <- read.table ("rRna_RDP_taxonomy_phylum", sep="\t")
    piedat <- rbind(family[1:7, ],
                as.data.frame(t(c(sum(family[8:nrow(family),1]),
                                "Others",
                                sum(family[8:nrow(family),3])))))
    png(file="../graph/RDP_phylum_low.png", width=600, height=550, res=75)
    pie(as.numeric(piedat$V3), labels=piedat$V3, clockwise=TRUE, col=graph_col, main="More representative Phyliums")
    legend("topright", legend=piedat$V2, cex=0.8, fill=graph_col)
    dev.off()
    png(file="../graph/RDP_phylm_high.png", width=1300, height=850, res=75)
    pie(as.numeric(piedat$V3), labels=piedat$V3, clockwise=TRUE, col=graph_col, main="More representative Phyliums")
    legend("topright", legend=piedat$V2, cex=0.8, fill=graph_col)
    dev.off()
}

我一直在使用这个代码用于不同的数据文件,它工作正常,但随着文件显示adobe它崩溃返回以下消息:

Error in Summary.factor(c(6L, 2L, 1L), na.rm = FALSE) : 
  sum not meaningful for factors
Calls: rbind -> as.data.frame -> t -> Summary.factor
Execution halted

我需要理解为什么它会崩溃这个文件,如果有任何方法可以防止这种错误.

谢谢!

Answer 1

当您尝试呼叫时出现错误sum(x)并且x是一个因素.

这意味着你的一个列,虽然它们看起来像数字实际上是因素(你看到的是文本表示)

简单修复,转换为数字.但是,它需要一个首先转换为角色的中间步骤.使用以下内容:

family[, 1] <- as.numeric(as.character( family[, 1] ))
family[, 3] <- as.numeric(as.character( family[, 3] ))