R - 有许多列的小提琴情节

Question

我试图绘制一个有很多列的小提琴情节.我会在这样的文件中阅读:

data <- read.table("file.txt", as.is=TRUE);

数据文件将包含许多行,每行都应该是一列.问题是我事先不知道数据文件将包含多少行.从我通过研究发现的,我可以制作一个像这样的小提琴情节:

vioplot(x, y, z, ....);

这会给我一个预设数量的列.我将如何处理所有行？此外,我有一个与列对应的字符串列表,因此命名参数也需要类似的方法.

任何帮助表示赞赏.

Answer 1

do.call 是必需的成语.

例如

nd <- data.frame(t(data))

现在,vioplot需要一个参数来命名x(其余的传入...))

# have the first column called `x`
names(nd)[1] <- 'x'


 do.call('vioplot', nd)

Answer 2

set.seed(101)
write.table(matrix(runif(1000),nrow=10),file="tmpfile.txt")
##

基本上,您希望转置数据并将其转换为列列表...

dat <- read.table("tmpfile.txt", as.is=TRUE)
cdat <- as.list(as.data.frame(t(as.matrix(dat))))
names(cdat)[1] <- "x"  ## vioplot() needs the first element to be called 'x'
library(vioplot)

然后用 do.call

do.call(vioplot,cdat)

如果您有要使用的名称向量:

do.call(vioplot,c(cdat,list(names=nameVector)))

(其他参数将被添加到附加参数列表中names)

从长远来看,我建议(1)如果可能的话,按列而不是按行存储数据; (2)熟悉geom_violin()的ggplot2-它是灵活得多.

library(reshape2)
mdat <- melt(t(as.matrix(dat)))  ## convert to long format

现在,数据被存储为具有变量的100行×3列数据帧Var1 (其指示来自原始数据集的列)和Var2(来自原始数据集的行,其对应于其中一个变量).

library(ggplot2)
ggplot(mdat,aes(x=factor(Var2),y=value))+geom_violin()+
   labs(x="variable")