如何用ggplot2制作叠加的条形图

Question

嗨我想用ggplot2和下面的数据做一个堆积的条形图

Chr NonSyn_Snps Total_exonic_Snps
A01 9217    13725
A02 6226    9133
A03 14888   21531
A04 5272    7482
A05 4489    6608
A06 8298    12212
A07 6351    9368
A08 3737    5592
A09 12429   18119
A10 7165    10525

基本上我想为每条染色体堆叠NonSyn_Snps和Total_exonic_Snps但不幸的是我不能.

这是我到目前为止没有运气的尝试

ggplot(Chr.df_mod, aes(Chr, Total_exonic_Snps, fill = NonSyn_Snps)) + geom_bar(stat = "identity", colour = "white") + xlab("Chromosome") + ylab("Number of SNPs")

我正在获得情节,但没有堆积一个.

有人可以帮我解决这个问题.

谢谢Upendra

Answer 1

这个ggplot成语最适合长数据而不是宽数据.您需要将宽数据框架融合成长格式,以便从ggplot的许多选项中受益.

# get data
dat <- read.table(text = "Chr NonSyn_Snps Total_exonic_Snps
A01 9217    13725
A02 6226    9133
                  A03 14888   21531
                  A04 5272    7482
                  A05 4489    6608
                  A06 8298    12212
                  A07 6351    9368
                  A08 3737    5592
                  A09 12429   18119
                  A10 7165    10525", header= TRUE)


# load libraries
require(ggplot2)
require(reshape2)

# melt data from wide to long
dat_m <- melt(dat)

# plot
ggplot(dat_m, aes(Chr, value, fill = variable)) + 
  geom_bar(stat = "identity") + 
  xlab("Chromosome") + 
  ylab("Number of SNPs")