在Python中使用nx.write_gexf处理在节点和边上具有dict数据的图

Question

我有一个使用Python中的networkx包构造的图，该图具有与节点和边相关联的数据属性。这些属性是带有嵌套字典的字典（或列表）本身。由于数据类型的原因，我无法弄清楚如何将此图写成.gexf格式（或.graphml等）。

有没有办法让write_gexf将这些数据类型解析为XML？还是有其他解决方法？

这是一个例子：

1 import networkx as nx
2
3 G = nx.graph()
4 G.add_node(0, attr1 = { 'name1' : 'Alice', 'name2' : 'Bob' }, attr2 = 5)
5 G.add_node(0, attr1 = { 'name1' : 'Calvin', 'name2' : 'Hobbes' }, attr2 = 6)
6 G.add_edge(0,1, likes = ['milk', 'oj'])
7
8 nx.write_gefx(G,"test.gefx")

这给出了一个错误：

Traceback (most recent call last):
File "so_write_gefx.py", line 8, in <module>
nx.write_gexf(G,"test.gexf")
...
line 378, in add_attributes
for val,start,end in v:
ValueError: too many values to unpack

Answer 1

GEXF 格式仅指定一组相当简单的数据类型。在您的示例中，您将边缘数据属性“喜欢”设置为列表

G.add_edge(0,1, likes = ['milk', 'oj'])

这不是由 GEXF 编写器处理的。

如果你坚持使用字符串、数字等，那么你就不会遇到这个问题。