Fisher测试错误:LDSTP太小

Question

输入

NN <- c(359,32);JJ <- c(108,13);NNS <- c(103,15);VBN <- c(95,9);RB <- c(63,11);NNP <- c(56,0);VBG <- c(55,10);IN <- c(38,16);VB <- c(20,10);CD <- c(17,6);CC <- c(11,6);DT <- c(11,4);MD <- c(8,5);PRP4 <- c(8,1);PRP <- c(7,4);FW <- c(5,1);VBD <- c(5,3);RBR <- c(4,0);VBP <- c(4,1);VBZ <- c(4,3);WRB <- c(4,2);EX <- c(3,1);NNPS <- c(2,0);WDT <- c(2,3);WP <- c(2,1);PDT <- c(1,1);POS <- c(1,0);RBS <- c(1,0);TO <- c(1,1);UH <- c(0,1)
Finaltable <-
cbind(NN,JJ,NNS,VBN,RB,NNP,VBG,IN,VB,CD,CC,DT,MD,PRP4,PRP,FW,VBD,RBR,VBP,VBZ,WRB,EX,NNPS,WDT,WP,PDT,POS,RBS,TO,UH)
rownames(Finaltable) <- c("tag1","tag2")
Finaltable

chisq.test(Finaltable)


fisher.test(Finaltable)

产量

fisher.test(Finaltable) : FEXACT error 7.
LDSTP is too small for this problem.
Try increasing the size of the workspace.

如何在不修改原始数据的情况下解决此问题？是否有任何非参数测试用于此比较？

Answer 1

您可以尝试workspace从默认值增加参数,但我不知道您是否能够使它足够大(我放弃了workspace=2e8,但仍然失败;我的内存耗尽了workspace=2e9.)你可以也尝试模拟p值,例如fisher.test(Finaltable,simulate.p.value=TRUE,B=1e7)(例如),但由于p值非常小,B如果你想做的不仅仅是绑定p值,你将需要大量的模拟()也会很慢.(对于大多数目的而言,知道这p已经<1e-7足够了 - 但在某些生物信息学背景下,人们希望将其p用作信号强度的指标和/或进行大量的多重校正比较.我不太喜欢这些方法,但他们'那里......)