在NLME的LME中访问随机效应方差估计

Question

在nlme包lme模型中，有什么方法可以获取随机项的方差？

Random effects:
 Formula: ~t | UID
 Structure: General positive-definite, Log-Cholesky parametrization
            StdDev     Corr  
(Intercept) 520.310397 (Intr)
t             3.468834 0.273 
Residual     31.071987

换句话说，我想达到3.468834。

Answer 1

这并不困难；该VarCorr访问方法的设计正是为了恢复该信息。这比应该做的要难一点，因为该VarCorr方法将方差-协方差作为字符矩阵而不是数字形式返回（我storage.mode用来转换为数字而不丢失结构，并suppressWarnings忽略有关NA的警告）

library(nlme)
fit <- lme(distance ~ Sex, data = Orthodont, random = ~ age|Subject)
vc <- VarCorr(fit)
suppressWarnings(storage.mode(vc) <- "numeric")
vc[1:2,"StdDev"]
## (Intercept)         age 
##   7.3913363   0.6942889 

在您的情况下，您可以使用vc["t","StdDev"]。