在 PyMOL 中对齐 2 个小分子

Question

我想与 PyMOL 中的配体对齐，就像使用蛋白质结构一样，但我收到一条错误消息：

ExecutiveAlign: mobile selection must derive from one object only

我还将配体复制到单独的 PDB 文件中，将HETATM条目重命名为ATOM，但仍然出现此错误。我想知道为什么 PyMOL 无法对齐这些小分子。

PS：那些配体结构相似，只是坐标不同。

Answer 1

当您使用对齐函数进行对齐时，pymol 通过首先进行序列对齐来种子结构对齐。

您可以使用pair_fit函数，但必须指定原子之间的对应关系。此函数需要进行两次选择，每个元素对应一个具有相同原子数的元素。

如果配体具有完全相同的化学结构，您可以直接传递对象，否则您将必须做出适当的选择。