在 R 中使用 MICE 时内存不足

Question

我正在尝试使用 MICE 包在 R 中创建多个插补，但 kepp 内存不足。这是我收到的错误消息：

Error: cannot allocate vector of size 219 Kb
In addition: Warning messages:
1: In unlist(vlist, recursive = FALSE, use.names = FALSE) :
  Reached total allocation of 6500Mb: see help(memory.size)
2: In unlist(vlist, recursive = FALSE, use.names = FALSE) :
  Reached total allocation of 6500Mb: see help(memory.size)  

我使用 64 位 R 和 Windows 7 和 8 Gb ram。我试过增加 fysical 内存，并且允许内存大小 R 分别使用到 8 Gb 和 6.5 Gb，但它仍然不起作用。目前，我正在尝试对包含 27 000 行和 17 列的数据集进行插补，但我希望在具有 1 600 000 行和 17 列的更大数据上使用。

有人能帮我吗？会深深地感激它。

/杰斯珀

Answer 1

要检查内存的当前限制（以 Mb 为单位），请尝试

memory.limit(size = NA)

要最大化它（相对于您的 8Gb RAM）尝试

memory.limit(size = 8190)

另外，在运行任何内存密集型函数之前，不要忘记调用gc()几次。如果仍然不起作用，请确保关闭任何其他活动的应用程序，重新启动 R 并执行上述操作。如果这不能解决您的问题，请尝试利用其他软件包的功能，例如ff、snow和bigmemory。