绘制PCA的所有组件

Question

我想知道如何在第一和第二个组件中绘制个体,如下所示:

Answer 1

这可能有效:

pc.cr <- princomp(USArrests, cor = TRUE)
pairs(pc.cr$loadings, col=c("red", "green", "blue"))

Answer 2

另一个选择是splom从lattice包中使用.我在这里使用:

1. splom 对于矩阵散点图
2. prcomp 计算PCA
3. mclustBIC集群数据.因为你需要按一些标准对点进行分组.请注意,仅提供颜色将仅回收col参数.

你可以写例如:

library(lattice)
library(mclust)
dat <- iris[,1:4]
dat.pca <- prcomp(iris[,1:4])
dat.em <- mclustBIC(dat) 
splom(as.data.frame(dat.pca$x), 
      col=summary(dat.em,data=dat)$classification, cex=2,pch='*')