R barplot Y轴刻度太短

Question

我正在尝试生成一个条形图,但是y轴刻度太短.这是我的代码:

barplot(as.matrix(dat), log="y", ylim=c(10000,100000000), beside=TRUE,
        ylab = "Number of reads", col = c("gray","black","white"))

它离开了轴的空间(根据ylim),但没有填充实际的轴.我经历过?barplot并尝试了一些事情(从谷歌搜索我认为xpd = F, yaxs = c(10000,10000000,5)应该工作,但它没有).

我知道这是一件小事,但这正是我长期坚持的问题,而不是实际工作,所以任何帮助都会非常感激!

编辑:为输入人员干杯!

我最初没有使用ylim进行绘图,但最终会出现一个更奇怪的轴(同样的问题); 我实际上选择了我的ylim值来给它一个更好的间隔轴.

这是数据:

dat <- read.table(text="D2,D3n,D3m,D4n,D4m
21234722,34262282,31920464,25486357,20712943
35343,64403,22537,39934,46547
126646,312286,101105,81537,76944", header=TRUE, sep=",")

编辑2:@DWin没错 - 我更新了我的R,现在情节很好 - 谢谢大家!

Answer 1

我看到你试图设置ylim不好你给坏的价值观.这将改变绘图的比例(如缩放)例如,请参阅:

par(mfrow=c(2,1))
tN <- table(Ni <- stats::rpois(100, lambda = 5))
r <- barplot(tN, col = rainbow(20),ylim=c(0,50),main='long y-axis')
r <- barplot(tN, col = rainbow(20),main='short y axis')

另一种选择是在没有轴的情况下绘图,并使用axis和手动设置它usr:

require(grDevices) # for colours
par(mfrow=c(1,1))
r <- barplot(tN, col = rainbow(20),main='short y axis',ann=FALSE,axes=FALSE)
usr <- par("usr")
par(usr=c(usr[1:2], 0, 20))
axis(2,at=seq(0,20,5))

Answer 2

最简单的解决方案似乎是指定ylim范围。这是一些自动执行此操作的代码（左默认，右-调整后）：

layout(t(c(1,2)))

# default y-axis
barplot(dat, beside=TRUE)

# automatically adjusted y-axis
barplot(dat, beside=TRUE, ylim=range(pretty(c(0, dat))))

诀窍是使用pretty()，该方法返回一个涵盖所有提供数据值的间隔中断列表。它保证最大返回值是1）整数2）大于数据中的最大值。

在示例中还添加了0，以pretty(c(0, dat))确保轴从0开始。